R绘图: 散点图添加文本注释

最新推荐文章于 2024-10-16 20:00:00 发布

Mrrunsen

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分类专栏： R语言大学作业文章标签： r语言开发语言数据分析

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本文介绍了如何在R语言中为火山图添加文本注释，解决文字覆盖和重叠的问题。通过使用ggplot2和额外的R包，实现了散点旁边的文本标注，并通过调整参数实现清晰的指向线，优化了注释的可读性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

这里以火山图为例进行说明，在转录组分析中，火山图是很常见的一类图，纵轴表示p_value，横轴表示log (fold change)。单一的散点图绘制很简单，火山图比较难处理的地方就是一些基因的注释，基因越多，加文本注释越困难，因为文字会堆在一起，看不清。示例数据df1是转录组做差异表达后的部分结果，df2将logFC绝对值大于0.3的挑出来了。

> head(df1)
         p_val avg_logFC class   gene      cd avg_logFC_new2 p_val_new
1 1.628043e-43 0.4804759   P2L    PI3 P2L_0.3     -0.4804759  42.78833
2 1.131599e-88 0.4565683   P2L   ZG16 P2L_0.3     -0.4565683  87.94631
3 7.342746e-58 0.4192149   P2L   XIST P2L_0.3     -0.4192149  57.13414
4 1.728085e-28 0.4113532   P2L    FN1 P2L_0.3     -0.4113532  27.76243
5 1.288611e-33 0.4100842   P2L   PIGR P2L_0.3     -0.4100842  32.88988
6 6.647279e-14 0.4035325   P2L HSPA1A P2L_0.3     -0.4035325  13.17736

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