R 相关性网络图

相关性网络图一般都是经过若干步骤选出来几个感兴趣的基因展示一下，下面的这个例子用我的小R包tinyarray获取表达矩阵和做探针注释、差异分析了，相当于对芯片常规分析的一个简化操作。你可以替换成自己的感兴趣基因组成的表达矩阵。

#devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")
library(tinyarray)
gse = "GSE42872"
geo = geo_download(gse,destdir=tempdir(),by_annopbrobe = FALSE)
Group = rep(c("control","treat"),each = 3)
Group = factor(Group)
find_anno(geo$gpl)
## [1] "`library(hugene10sttranscriptcluster.db);ids <- toTable(hugene10sttranscriptclusterSYMBOL)` and `ids <- AnnoProbe::idmap('GPL6244')` are both avaliable"
ids <- AnnoProbe::idmap(geo$gpl,destdir = tempdir())
deg = get_deg(geo$exp,Group,ids)

这个deg就是经过整理的差异分析结果表格。

head(deg)
##       logFC   AveExpr         t      P.Value    adj.P.Val        B probe_id
## 1  5.780170  7.370282  82.94833 3.495205e-12 1.163798e-07 16.32898  8133876
## 2 -4.212683  9.106625 -68.40113 1.437