R语言生信图表学习之网络图

本文介绍了如何使用R语言中的ggplot2、tidygraph和ggraph包来绘制生物信息学网络图。网络图常用于展示变量间的关系,内容包括理解网络图的基本元素如点和线的属性设置,以及如何通过数据框分别定义点和线的属性,从而创建具有层次感的图层效果。通过实例展示了如何构造数据并利用R包功能定制网络图的细节,以实现更美观的展示效果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

网络图可以展示不同变量之间的关系,包含的信息量也很大,在生信文章中非常常见。目前画网络图比较常用的还是cytoscape软件,这个软件非常强大,可以画出很多复杂精美的网络图。但是R语言也有很多可以画网络图的R包,今天就来学习一下。

在学习一幅图怎么画之前首先了解这幅图主要包括哪些元素。
这幅网络图主要就是点和线,其中点的颜色和大小都要设置不同的属性,线的颜色也要设置不同的属性,另外,这幅图中的点有2层,其中一层只有颜色的不同!这种图层叠加的理念和ggplot2不谋而合!我们只要先画大的点,再叠加1层小的点上去,就可以实现两层点了。
画图

本次用到的R包主要有ggplot2、tidygraph、ggraph。

rm(list = ls())

library(tidygraph)
library(ggplot2
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