网络图可以展示不同变量之间的关系,包含的信息量也很大,在生信文章中非常常见。目前画网络图比较常用的还是cytoscape软件,这个软件非常强大,可以画出很多复杂精美的网络图。但是R语言也有很多可以画网络图的R包,今天就来学习一下。
在学习一幅图怎么画之前首先了解这幅图主要包括哪些元素。
这幅网络图主要就是点和线,其中点的颜色和大小都要设置不同的属性,线的颜色也要设置不同的属性,另外,这幅图中的点有2层,其中一层只有颜色的不同!这种图层叠加的理念和ggplot2不谋而合!我们只要先画大的点,再叠加1层小的点上去,就可以实现两层点了。
画图
本次用到的R包主要有ggplot2、tidygraph、ggraph。
rm(list = ls())
library(tidygraph)
library(ggplot2