使用R包rain检测基因表达的生物节律

最新推荐文章于 2024-11-05 19:34:15 发布
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分类专栏： R语言大学作业 文章标签： r语言 开发语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/Mrrunsen/article/details/126623440
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本文介绍R包rain，用于检测生物测量数据中的节律性，特别适合基因组学研究。通过实例分析小鼠昼夜节律转录调控，展示如何利用rain检测基因表达的显著生物节律，包括p值、相位、峰型和周期长度等关键指标。
摘要由CSDN通过智能技术生成

本篇简介一个R包，rain，该包使用非参数方法来检测时间序列中的节律性，常用在基因组、转录组、蛋白质组或代谢组等生物测量数据中分析生物节律（例如昼夜节律或细胞周期）。此外，该方法还能够处理异常值、缺失值，并对包含10-100个测量值的时间序列进行优化。

以rain包的内置数据集“menetRNASeqMouseLiver”为例作演示，该数据集来自于一项对小鼠昼夜节律转录调控的研究。小鼠饲养在12h光照/12h黑暗的24h周期中，饲养一段时间后，每隔4h取样一次，通过高通量测序获得的小鼠肝脏基因表达谱的时间序列。

#安装 rain 包
#install.packages('BiocManager'
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RAR:休息活动节奏分析的R包
03-28
RAR 休息活动节奏分析的R包 该软件包旨在轻松提取使用已浓缩到时期（例如30秒，60秒等时期的活动计数）的书法数据收集的休息活动节律（RAR）的特征。 该软件包利用三种主要方法进行分析： 参数化方法：S形变换的扩展余弦模型 剩余生物钟频谱分析：基于拟合余弦模型残差的频谱分析 本地化度量：用户指定时间范围内的均值，标准设计和相对活动度量。 使用RAR估算活动模式的示例 S形变换的扩展余弦模型 图1.带有反逻辑余弦模型（红色）的60秒历时RAR数据。 右上角：根据拟合的反逻辑模型估算的残差。 参见 总结了模型的结构和根据模型估算的参数。 残余生物钟谱分析 图2.左上：带有反逻辑余弦模型（红色）的60秒历时RAR数据。 右上角：根据拟合的反逻辑模型估算的残差。 左下：使用平滑三次样条曲线（蓝色）估计的来自右上面板的残差的对数功率谱。 右下：估计频段分数的频段选择示例（a，b）。 对从
利用R语言进行具有周期性的时间序列分析
辉的博客
07-18 8136
文章目录读取数据并绘制时序图绘制自相关图和偏自相关图进行季节差分模型拟合 读取数据并绘制时序图 install.packages("astsa") library(astsa) e1x2 <- ts(scan("C:/Users/l/Desktop/e1x2.dat")) #数据导入 plot(e1x2, type="b") #画时序图 绘制自相关图和偏自相关图 acf(e1x2) pacf(e1x2) 通过对相同数据的分析，可尝试S=12为季度周期。 进行季节差分 #计算月度均值 e1x2m
使用MetaCycle进行生物节律基因分析
qq_36608036的博客
10-25 1334
生物节律分析
深度学习法识别人类昼夜节律基因
陈泊舟的博客
10-09 5084
文章转自（带图）： 1. 摘要 本文使用深度神经网络(DNN)为昼夜节律基因识别构建了一个新的计算框架。首先，将时间过程的基因表达数据转化为分类状态数据来表示基因表达的变化趋势。从学习数据集中对昼夜节律基因的状态数据进行聚类后，出现了两种不同的表达模式。然后利用DNN对非周期基因和周期基因的两种亚型进行区分。为了评估DNN的性能，本文使用了四种常用的机器学习方法进行比较，包括k近邻、逻辑回归、朴素贝叶斯和支持向量机。结果表明，DNN模型的percision和recall达到了最佳平衡。 2. 介绍 昼夜节律
水稻微生物组时间序列分析2b-散点图拟合
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-17 1531
写在前面 图2. 微生物组随时间变化的规律 图2. E-F散点图拟合展示距离变化 猜你喜欢 写在后面 写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》的文章，大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言，累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我们将花时间把此文的原始代码整理并精讲，祝有需要的小伙伴能有收获。 本系列按原文4幅组图，共分为4节。...
R绘制云雨图
Mrrunsen的博客
02-03 780
通常，对于两组或两组以上的数据展示其特征和比较不同组之间的大致差异时，我们会选择箱线图或箱线图加添加扰动的散点图进行展示。但是，由于箱线图和散点图本身的局限，例如不能提供关于数据分布偏态和尾重程度的精确度量、对于批量比较大的数据批，反应的形状信息更加模糊和用中位数代表总体评价水平有一定的局限性等，人们亟需对数据的信息进行更全面可视化的图形。在这种背景下，云雨图也就孕育而成。顾名思义，云雨图即使“云”（小提琴图半边）和“雨”（散点图），外加箱线图的一种联合体。它通过中位数和置信区间很好地提供了原始数据、概率分
mohupid.rar_pullo1r_rain12k_控制_模糊控制
09-21
本资料"mohupid.rar_pullo1r_rain12k_控制_模糊控制"中的核心文件“mohupid.slx”似乎是一个Simulink模型，用于阐述和演示模糊控制的应用。接下来，我们将深入探讨模糊控制的基本原理、mohupid模型的特点以及其在...
Rec839_3.rar_itu-r_rain attenuation_rain prediction_降雨_雨衰减
07-14
ITU-R国际降雨衰减预测模型之等效雨高的求法
目标检测方法调研，包含传统目标检测方法和基于深度学习的目标检测方法
11-03
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d3rain：将D3点滴带到R的htmlwidget
02-05
【标题】"d3rain：将D3点滴带到R的htmlwidget" 描述了一个R语言的库，它使得R用户能够利用流行的JavaScript数据可视化库D3.js的强大功能。D3，全称Data-Driven Documents，是用于创建交互式、动态数据可视化的库，而...
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Gavin Chen的专栏
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一、时间序列的定义时间序列是将统一统计值按照时间发生的先后顺序来进行排列，时间序列分析的主要目的是根据已有数据对未来进行预测。一个稳定的时间序列中常常包含两个部分，那么就是：有规律的时间序列+噪声。所以，在以下的方法中，主要的目的就是去过滤噪声值，让我们的时间序列更加的有分析意义。二、时间序列的预处理1、平稳性检验：拿到一个时间序列之后，我们首先要对其稳定性进行判断，只有非白噪声的稳定性时间序列...
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qq_35294674的博客
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1.什么是云雨图？ 云雨图，顾名思义，由2部分组成，上方的半个小提琴图形似云朵，下方的点图形似雨滴。 上方的半个小提琴图，类似于核密度曲线，其曲线下的面积是1。 下方的点图，其实是频率分布直方图的点状抽象。 2.绘图前的数据准备 ​ demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/rainCloud/demo.txt下载。 ​ 包含2个维度的数据，通常每一列是个样本，每一行是个基因 3. R语言怎么画云雨图 # 加载R包，没
R各个包里面的数据集列表
四纪启悟 · 数据科学
07-07 1万+
Package  Item  Title  csv  doc datasets AirPassengers Monthly Airline Passenger Numbers 1949-1960 CSV DOC datasets BJsales Sales Data with Leading Indicator CSV DOC
R 数据框
wjs2024的博客
11-01 346
R 数据框是 R 语言中用于存储表格数据的一种数据结构。它是 R 中最常用的数据结构之一，类似于其他编程语言中的数据帧或表格。数据框由行和列组成，每列可以是不同的数据类型，如数值型、字符型或因子型。数据框在数据处理、统计分析和数据可视化中扮演着重要的角色。
Halcon resistor.hedv 使用多个对焦级别提取深度
最新发布
T
11-05 427
是Halcon图像处理库中的一个算子，它用于从一系列不同对焦级别的图像中提取深度信息。
NewStar easygui re wp
LH1013886337的博客
11-01 1230
Src[k+3]由v15和v11组成也就是Src[k+3]和Src[k+2]因此我写出了Src[k+3] = ((c>>5) & 0x7) | ((d<<3)&0xf8)这样的代码，因为其实原来的加密的意思是Src[k+3]由Src[k+2]的低5位和Src[k+3]的高3位组成，Src[k]由Src[k+3]的低5位和Src[k]的高3位组成。那么我们要还原Src[k+3]也就是由rc[k+3]的高3位和Src[k+3]的低5位拼接，这样才是。发现sub_140001490不是点进去发现主要逻辑。
【零售和消费品＆存货】价格标签检测系统源码＆数据集全套：改进yolo11-RFAConv
m0_74241524的博客
11-02 1122
本项目数据集信息介绍本项目所使用的数据集名为“pricetag”，旨在为改进YOLOv11的价格标签检测系统提供强有力的支持。该数据集专注于价格标签的各个组成部分，涵盖了四个主要类别，分别是条形码（barcode）、商品名称（name）、零钱（pennies）和价格（price）。这些类别的选择反映了价格标签的基本构成，能够有效地帮助模型学习和识别价格标签的各个要素。数据集中的条形码类别包含了多种不同风格和格式的条形码图像，确保模型能够适应各种实际应用场景。
[NewStarCTF 2023 公开赛道]逃1
alwtj的博客
11-04 446
我们只需要把上面的红色部分过滤掉就可以了，而过滤则通过waf来逃逸掉，waf可以把bad变成good，每一个bad就可以过滤一个char，绿色部分就是我们要过滤的数量为27，所以需要27个bad.这段代码分为三部分：1.war函数，2.GetFlag类，3.GetFlag类对象的定义，waf过滤以及反序列化 .很经典的的一道题，键值对逃逸，改变cmd的value，去获取flag.让我们先来看一下未经过waf过滤后的value.此时反序列化时，红色部分就会被过滤掉.开始构造payload。
rain::rain r包
02-02
玩家需要按照指示符的要求使用手指或其他输入设备点击或触摸“rain r包”，从而完成游戏中的音乐节奏操作。 雨和“rain r包”在表面上看是完全不相关的事物，但从某种角度来看，它们都代表着谐律和节奏。雨水落在...
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