微生物
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SHANGHAILINGEN
这个作者很懒,什么都没留下…
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科研快报|PacBio 16S全长测序探究游离唾液微生物群失调在牙周病中的潜在作用
本研究的目的是探讨游离唾液微生物群在不同牙周状态下的潜在作用,它们对非手术牙周治疗的反应,以及治疗后患病个体和健康人体之间的差异。原创 2023-01-20 10:02:57 · 1744 阅读 · 0 评论 -
数据库|scMethBank:单细胞全基因组 DNA 甲基化图谱数据库
scMethBank作为第一个开放访问的综合数据库,全面整合了不同研究发表的数据,可用于单细胞 DNA 甲基化数据和元数据的收集、整合、分析和可视化。原创 2023-01-05 09:28:17 · 372 阅读 · 0 评论 -
LotuS2:新一代扩增子数据分析神器(更快、更准、更稳定)
Microbiome发表了一种新的扩增子数据处理神器——LotuS2原创 2022-12-02 10:06:48 · 313 阅读 · 0 评论 -
加量不加价!扩增子新版分析流程结果解读(一)
差异分析和环境因子分析的新增内容原创 2022-11-23 13:49:38 · 174 阅读 · 0 评论 -
扩增子分析全面升级!加量不加价,数据更多新玩法
加量不加价,扩增子分析流程大升级原创 2022-11-21 14:52:30 · 304 阅读 · 0 评论 -
人肠道宏病毒与其宿主和环境因素的关联分析
为更好的理解人类肠道中的病毒和微生物生态学提供了基础原创 2022-11-18 09:09:51 · 307 阅读 · 0 评论 -
PacBio三代全长扩增子测序对珊瑚共生虫黄藻和细菌群落进行精确分类
利用PacBio全长16S rRNA和ITS测序,调查常见印度-太平洋珊瑚样本之间的共生微生物,首次完整的调查了泰国湾相关的藻类和细菌群落的结构及多样性原创 2022-11-17 09:22:51 · 282 阅读 · 0 评论 -
客户文章|南方医科大学刘克玄团队破解肠道宏病毒与心肌病关系
新项目,新思路,医学宏病毒轻松搞定20+原创 2022-11-16 15:00:00 · 99 阅读 · 0 评论 -
重磅!首次揭露中国人群血液病毒组特征
利用高深度的WGS数据阐明了中国人群队列中人类血液病毒组特征。分析了14种病毒的流行率、病毒丰度和地理分布原创 2022-11-09 10:51:41 · 334 阅读 · 0 评论 -
凌恩客户文献|宏基因组binning解析中国浓味白酒窖泥微生物群落MAGs和代谢潜力
通过宏基因组binning解析了中国浓香型白酒窖泥微生物群落MAGs组成结构和代谢潜力。原创 2022-10-27 10:41:18 · 362 阅读 · 0 评论 -
王二涛研究组揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制
通过16S rRNA基因高通量测序(341F-806R)和固氮根瘤菌群定量(rpoB1479F-rpoB1831R)等研究了根际和根样本中的细菌微生物含量原创 2022-10-26 10:20:18 · 639 阅读 · 0 评论 -
三代 vs 二代扩增子:差异大!
利用不同的测序技术来检测口腔微生物组的结构,比较各平台数据特点。原创 2022-10-25 11:37:31 · 366 阅读 · 0 评论 -
河海大学李轶课题组最新研究:潮滩水产养殖污染对沉积物ARGs和群落构建机制的影响
利用宏基因组测序方法研究了江苏潮滩水产养殖区中ARGs的丰度及其与细菌群落和环境参数之间的关系原创 2022-10-24 11:15:45 · 144 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊|“二代+三代”宏基因组学揭示肠道微生物群的个性化结构变异
ONT三代测序和Illumina二代测序数据混合组装的新方法原创 2022-10-21 11:04:20 · 1375 阅读 · 0 评论 -
凌恩客户文章|菜豆“不菜”——浙江省农科院新发现:菜用大豆和粮用大豆可能是独立训驯化
同时,通过基因组重测序对菜用大豆与粮(油)用大豆、野生大豆群体进化和遗传结构进行解析,研究发现三种类型大豆明显划分为三个亚群,菜用大豆和粮(油)用大豆群体之间没有明显的基因流,因此首次提出了菜用大豆和粮(油)用大豆可能是独立驯化的论点。与粮(油)用大豆相比,菜用大豆的豆荚豆粒有着明显的区别,鲜荚与籽粒的色泽绿,外观更加漂亮;由于长期对菜用大豆和粮(油)用大豆不同性状的选择,菜用大豆基因组被预测与先前组装的粮(油)大豆基因组有很大不同,而且菜用大豆与普通粮(油)用大豆之间的驯化关系一直以来并不明确。原创 2022-10-20 11:47:51 · 295 阅读 · 0 评论 -
高蛋白饮食≠健康 多组学分析揭示植物高蛋白对血糖和肝脏脂质代谢的影响
通过转录组和代谢组分析评估摄入植物高蛋白对宿主糖脂代谢的影响原创 2022-10-14 09:09:03 · 267 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊 | 上海交通大学朱正纲/陈红专/韦朝春/于颖彦:中国胃癌的泛基因组分析
人类泛基因组分析的自动化流程,成功地定位了染色体9q34.2上的预测基因GC0643原创 2022-10-12 09:43:52 · 197 阅读 · 0 评论 -
NAR|DREAM:编码RNA和药物关联的数据库
DREAM是一个综合的、可开放性的编码RNA和药物关联数据库原创 2022-10-11 09:41:28 · 394 阅读 · 0 评论 -
science都夸好用,赶紧了解下空气eDNA技术
调查植物群落的传统方法,往往是基于观察统计的结果,不止耗时还需要大量劳动力,并且结果的准确性很大程度上依赖于专家正确识别植物的能力,容易出现观察者之间的结果误差。除了物种信息,eDNA技术可追踪气候变化如何改变植物群落的构成,下图展示了不同物种的丰度如何随时间变化,尤其对于一些快速开花的植物,可避免地面调查错过的事件。空气eDNA不仅可以在繁殖和授粉的季节检测传粉植物,还可以用过滤器收集空气中的绝大多数遗传物质,类似于水生和沉积物系统,可以应用在包括群落调查、濒危物种检测和入侵物种预防。原创 2022-10-10 09:55:08 · 261 阅读 · 0 评论 -
MODB:软体动物线粒体基因组数据库
利用616种软体动物线粒体基因组构建了数据库MODB原创 2022-09-30 09:23:29 · 719 阅读 · 0 评论 -
凌恩客户文章|宏基因组揭示大蒜素对抗生素抗性基因的影响
揭示大蒜素对WAS发酵过程中ARGs的影响原创 2022-09-29 10:09:55 · 343 阅读 · 0 评论 -
肿瘤细胞通过RB1CC1介导的转录重编程对铁死亡敏感
转录组+蛋白质组:确定肿瘤细胞中感知铁死亡的关键调节因子原创 2022-09-28 10:17:19 · 780 阅读 · 0 评论 -
HVIDB!人类病毒蛋白互作数据库介绍
快速查询病毒与人类蛋白之间的互作以及新的互作关系预测原创 2022-09-27 13:45:25 · 595 阅读 · 0 评论 -
Water Research|香港大学张彤教授团队利用宏基因组分析评估废水处理厂中的抗性组和可移动遗传元件
应用暴露排序方法来探索具有高流动性和致病性的抗性组原创 2022-09-23 10:54:54 · 629 阅读 · 0 评论 -
Microbiome|比全长16s更长?
利用Pacbio长扩增子测序的方法,补充短读长扩增子测序的有限分辨率和基于宏基因组组装的方法的有限灵敏度原创 2022-09-22 09:20:46 · 72 阅读 · 0 评论 -
南农大毛胜勇团队再发《Microbiome》!揭示反刍动物胃肠道中微生物介导的B和K2维生素生物合成
宏基因组:揭示维生素生物合成在胃肠道中的分布特点和饮食的影响原创 2022-09-21 11:20:25 · 380 阅读 · 0 评论 -
一区W&R | 河海大学李轶课题组利用环境兼容的载氧生物炭修复缺氧淡水生物机制
利用局部沉积物生物炭作为新型氧纳米气泡载体的缺氧淡水的可持续恢复策略原创 2022-09-16 09:31:26 · 629 阅读 · 0 评论 -
凌恩项目文章|ISMEC:根际菌群移植筑起番茄根际免疫新防线
根际菌群移植筑起番茄免疫新防线原创 2022-09-15 09:33:36 · 345 阅读 · 0 评论 -
明星产品!种质资源数字化一站式解决方案!
农业育种平台构建,只有专业才敢说一条龙服务!原创 2022-09-14 13:45:06 · 1115 阅读 · 0 评论 -
生信软件的人民战争
主流or非主流,用户来投票!原创 2022-09-13 09:45:05 · 102 阅读 · 0 评论 -
《Molecular Plant》新思路:比较转录组+比较基因组研究小麦高效氮利用分子机制
使用二代测序、PacBio测序和Hi-C分析的组合策略对小麦KN9204的基因组进行测序和组装,研究小麦NUE的分子机制原创 2022-09-09 11:00:03 · 1247 阅读 · 0 评论 -
苹果+甲基化=切开不变色
通过DNA甲基化结合多组学测序揭示富士苹果褐变的机制。原创 2022-09-08 09:31:32 · 134 阅读 · 0 评论 -
非三代16S莫“鼠”
PacBio三代测序结合ELISA实验,为研究反复应激相关性腹泻小鼠的肠道和黏膜微生物提供了新的见解原创 2022-09-07 11:08:30 · 101 阅读 · 0 评论 -
转录组研究揭示多途径介导修复的枯草芽孢杆菌亚硒酸盐还原新机制
枯草芽孢杆菌 168 中Se(IV) 还原多途径模型,为Se(IV) 生物还原形成 SeNPs 的分子机制提供了新的见解原创 2022-09-02 09:04:35 · 210 阅读 · 0 评论 -
ISME| 南农大沈其荣院士团队最新揭示根际微生物组成变化可更早预测番茄青枯病
对自然均质土壤中生长的番茄植株进行了纵向研究,确定了与疾病结果相关的鉴别类群原创 2022-08-31 09:26:56 · 349 阅读 · 0 评论 -
Microbiome 跨组学功能网络预测神器
METABOLIC:从宏基因组到元素循环、代谢网络与功能形状原创 2022-08-30 10:18:30 · 290 阅读 · 0 评论 -
震惊!Cell:人肠道中鉴定出14万种病毒
通过分析人类肠道宏基因组和肠道细菌参考基因组的数据集,构建人肠道噬菌体数据库(GPD),并分析噬菌体的多样性和世界范围内的分布原创 2022-08-25 10:25:01 · 98 阅读 · 0 评论 -
【无标题】
农药林丹和硫丹对土壤中讲解菌的影响原创 2022-08-23 09:43:16 · 56 阅读 · 0 评论 -
凌恩客户文章:多组学揭示肥胖多囊卵巢综合征(PCOS)患者发病机制
多卵巢综合征与肠道微生物群之间的紧密联系原创 2022-08-22 09:50:12 · 434 阅读 · 0 评论 -
【无标题】
三代测序技术在医学临床及科研领域的应用原创 2022-08-15 10:39:26 · 287 阅读 · 0 评论