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SHANGHAILINGEN
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eDNA热门应用案例一网打尽
份环境样品中,可包含的DNA片段能达到上千万个,而每一个物种能携带的DNA又是独一无二的。原创 2024-05-27 15:30:23 · 953 阅读 · 0 评论 -
IF 27.5|GWAS+图位克隆法,揭秘水稻调控籽粒性状的关键基因
水稻是全球种植最广泛的作物,拥有超过12万个品种,提高粮食品质是当代水稻育种的首要目标原创 2024-04-28 11:43:39 · 899 阅读 · 0 评论 -
单细胞核转录组——植物:叶叶我呀裂开啦~
单细胞转录组测序技术能够在单细胞分辨率下研究样本的转录组信息,可以完美解决细胞异质问题,能全面真实揭示细胞多样性和复杂性,能够更加深入地研究细胞类型、细胞功能、细胞亚群及其异质性、细胞谱系等,还常用于识别新的细胞类型、确认罕见的细胞群、构建细胞状态和系统发育的图谱。原创 2024-04-16 11:10:19 · 1030 阅读 · 0 评论 -
NBT新技术震撼来袭,一张切片揭示空间宿主-微生物组互作
SHM-seq作为一种全新的技术,具有很大的潜力和发展空间。未来可以通过进一步优化实验条件和技术参数,提高SHM-seq的灵敏度和特异性,并探索SHM-seq在其他生物样本中的应用。原创 2024-04-11 09:59:34 · 331 阅读 · 0 评论 -
PNAS|多倍体物种极致突破
本研究为小麦科植物的进化研究提供了宝贵的基因组资源,并提出了利用基因组信息和基因组编辑加速改良具有多倍体和自交不亲和等特征的野生羊草的概念框架。原创 2024-02-22 10:25:18 · 762 阅读 · 0 评论 -
Nature methods|新型微生物富集方法,可有效解决高宿主污染样本问题
本研究中提到的新型微生物富集技术,主要是通过采用宿主DNA消耗技术,在提取和纯化微生物DNA的过程中,能够有效提高微生物鉴定的准确性和效率。原创 2023-11-20 08:56:06 · 114 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊|Binning宏基因组+单菌验证
南京农业大学赵方杰教授团队与中科院微生物所东秀珠团队在土壤二甲基砷脱甲基,缓解水稻直穗病相关领域的研究成果。原创 2023-09-26 16:32:41 · 145 阅读 · 0 评论 -
基于宏基因组的功能挖掘:碳水化合物活性酶(CAZymes)注释
碳水化合物活性酶(CAZymes)数据库注释原创 2023-09-19 16:51:45 · 979 阅读 · 0 评论 -
更大的数据库,更多的分析内容!凌恩明星产品鱼类eDNA产品再次大升级!!
更全面的物种分类,更多的分析内容,鱼类物种检测更加精准!!原创 2023-09-12 16:03:11 · 152 阅读 · 0 评论 -
Cell | 超深度宏基因组!复原消失的肠道微生物
本研究通过18篇已发表文献,利用一共1800个数据,包括工业化人群样本950个,过渡人群样本583个,Hadza样本135个和其他狩猎采集者样本132个,根据细菌/古菌在Hadza和工业化种群的富集情况将其分为VANISH(工业化中消失的,124个)和BloSSUM(工业化中受到选择的,63个)两个分类群,进一步分析发现系统发育与工业化进程存在强相关性(图4a-c),在过渡的人类肠道环境中,BloSSUM类群可能比VANISH类群具有竞争优势。Hadza样本中发现在工业化进程中已经消失的肠道微生物种群。原创 2023-09-01 09:58:57 · 94 阅读 · 0 评论 -
IF 82.9| 深度解析呼吸道微生物组与健康的关系
使用扩增子数据计算的AMHI,该数据基于22个细菌属和63个真菌属,与健康人群相比,所有地区,所有呼吸道疾病和一些非呼吸道疾病的疾病人群的AMHI持续下降(图5b)。本研究将肺功能正常但经历过至少一种暴露因素并有记录的呼吸道症状(咳嗽、呼吸困难、痰或喘息,或CAT评分≥10)的个体被定义为处于COPD或COPD前的“风险”阶段,从建康个体、pre-COPD个体到COPD个体的AMHI持续下降(图6a),同时网络图表明,从健康的COPD前期个体到COPD个体,细菌和真菌的相互作用明显增大。原创 2023-09-01 09:15:58 · 131 阅读 · 0 评论 -
Cell子刊:肠道菌菌株之间的“明争暗斗”
使用半乳糖基因缺失的突变体S.Tm-A(S.Tm-A DgatABC)验证,发现S.Tm-A可以利用半乳糖醇作为碳源,同样的实验证明S.Tm-B不可以。为研究菌株水平差异在细菌共存和质粒转移中的作用,用两种相同或不相同的S.Tm菌株(供体和受体)感染小鼠(图1A),发现使用非相同菌株组成的供体:受体对时,质粒转移能力更强(图1B)。S.Tm-A可以在S.Tm-B定植的肠道里繁殖,分析S.Tm-A与S.Tm-B碳代谢通路差异,分析了小鼠盲肠组织和肠系膜淋巴结中携带质粒的沙门氏菌数量。原创 2023-08-31 16:06:10 · 111 阅读 · 0 评论 -
材料科学顶刊IF:29.4 |工程手段 干预细菌铁死亡
(f) FMG的EDS分析。(c) 在1、3、6和24小时后用不同处理的RAW264.7巨噬细胞中用FPN(红色)和GPX4(黄色)免疫荧光染色的大肠杆菌(EGFP-BL21,绿色)的共聚焦成像。对于胞内细菌,Fe2+可通过巨噬细胞内的铁转运蛋白(FPN)转运到吞噬胞内细菌的囊泡中,引发细胞内吞细菌的铁死亡,达到快速清除胞内细菌的效果。与以往纳米材料介导的铁死亡策略相比,F-bio-HJ大大提高了铁死亡介导的抗菌策略的生物相容性,为铁死亡相关纳米材料及难治性感染的治疗策略提供了重要的参考意义。原创 2023-08-31 15:50:48 · 124 阅读 · 0 评论 -
三组学联合→HiC+Meta+Virome
为了揭示v-contigs的普遍性和差异性,将本研究中的地下水病毒与海洋(marine)、污水处理厂(WWTP)、其他地下水(other GW)中的病毒进行了比较。本研究通过二代、三代测序构建宏基因组与宏病毒组,应用Hi-C、CRISPR和同源性搜索对病毒-宿主对进行预测,1920种病毒中有469种非冗余病毒与宿主关联。地下水是全球最大的淡水,也是地球上最贫营养的水生系统之一,但在这个特殊的栖息地中微生物和病毒群落是如何形成的尚未被探索。将本研究和其他地下水研究中的病毒合并(标记为GW)。原创 2023-08-31 15:48:41 · 107 阅读 · 0 评论 -
又双叒叕!五大数据库全方位注释,抗性宏基因组分析项目再次升级!
SARG(the structured ARG reference database)数据库,其由ARDB和CARD整合而成,目前更新到v2.3版本,是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库,根据不同基因抵抗抗生素的类型和基因的进化关系,将所有抗生素抗性基因分为type和subtype两个层级,其中type为基因所抵抗的抗生素类型(例如四环素抗性基因、磺胺抗性基因等),subtype为具体的抗性基因(例如tetA、sul1等)。等在内的一系列深入研究结果,能够满足广大科研工作者的需求。原创 2023-08-18 10:01:29 · 362 阅读 · 0 评论 -
号外号外,最经典的16S数据库Greengenes2更新啦!!!
本次更新后的Greengenes2数据库允许直接整合16S rRNA和宏基因组数据集,将其统一在一个参考树中,分析结果表明,由相同样本生成的16S rRNA和宏基因组数据在主坐标空间、分类学和表型效应大小方面一致。过去在比对16s和宏基因组数据集上进行的努力仍然导致分布不重叠,只有像Procrustes分析这样的技术才能显示结果之间的关系,而Greengenes2树和UniFrac(一种系统发育的方法)一起使用提供了更好的一致性(图1f)。综上所述,时隔多年,重新回归的Greengenes2更加全面,原创 2023-08-17 16:40:24 · 437 阅读 · 0 评论 -
Nature子刊 |肠道宏病毒组揭示百岁老人长寿秘诀
本研究基于先前已经发表的来自日本和撒丁岛的195个人的宏基因组(分别发表于“Nature”和“mSystems”,发表时间为2021年和2019年)来描述百岁老人肠道病毒组的特征,并采用宏基因组装箱(VAMB),噬菌体宏基因组装箱(PHAMB)以及在细菌宏基因组组装基因组(MAGs)中的原病毒检索流程来表征百岁老人的肠道病毒组,并与年轻人(>18岁)和老年人(>60岁)的肠道宏病毒组做了比较。在百岁老人的肠道中,发现了新型的病毒属,例如能侵染梭状芽胞杆菌的病毒,并且还识别到了多种处于裂解周期的病毒。原创 2023-08-14 14:56:41 · 103 阅读 · 0 评论 -
流域梯级开发影响下:eDNA在乌江流域鱼类资源保护中的应用
因此,我们需要了解当前乌江干流全面系统的鱼类资源现状,采取合理的措施减少由人为活动所带来的不利影响,以便进一步保护乌江流域的鱼类多样性。通常水电大坝的修建,会导致河流流速降低,泥沙沉积,底栖饵料生物增多,更适合喜缓流或静水生活的鱼类生存,而喜流水生活的鱼类生存空间将被压缩,导致数量减少,此时广适性和喜缓静水的鱼类在该条件下生存更会展现出优势。各江段鱼类多样性的差异有可能来源于各个大坝的建造,大坝的修建阻隔了鱼类的基因交流以及引起鱼类组成的变化,随着时间的推移,导致不同江段的鱼类多样性发生了显著的变化。原创 2023-08-11 14:55:14 · 119 阅读 · 0 评论 -
7月客户文章盘点——累计IF 101.3
凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标,在科研测序领域深耕不辍,吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟,参与并完成多个高科技项目。2023年7月,凌恩生物助力客户发表文章16篇,累计影响因子101.3分,其中包括Journal of Hazardous Materials期刊(IF:13.6)文章3篇。此次收录的文章涵盖多个研究方向,其中7篇为多组学研究。文章涉及微生物方向10篇,表观遗传方向2篇,转录组方向1篇,代谢组方向3篇。美国新泽西州罗格斯大学。原创 2023-08-11 13:52:02 · 96 阅读 · 0 评论 -
GB:重测序+转录2023经典文章,一篇就够
为了探讨遗传背景与显性和过显性发生之间可能的内在联系,根据Hill方程和3种假设,均得到一致结论:正调控和负调控的共同之处是,在配体背景不足的情况下,反应对配体(激活剂或阻遏剂)浓度的变化非常敏感,非相加效应明显。非加性状态下,目标基因的功能对背景的响应更强。以转录水平作为目的基因的性能指标(表型),以转录因子为背景,在简单二倍体生物——酵母中进行了实验,观察到SSU1的显性程度随着背景的增加而显著下降,SSU1的转录水平与酵母的最大生长速率呈线性正相关,下游基因的优势程度可以通过改变背景充足程度来控制。原创 2023-08-08 10:52:44 · 274 阅读 · 0 评论 -
一作分享| eDNA快速检测鱼类多样性!长江上游江津至涪陵河段鱼类多样性调研
研究团队不仅具有丰富的野外调查经验,也有扎实的室内分子实验和生物信息学分析基础,研究团队始终秉承“树德育人、教学相长”的教学理念和“严谨自律、求实创新”的科研精神,目前在国内外相关期刊上已发表论文百余篇,并培养出众多优秀的研究生。为比较不同江段间的鱼类多样性差异,该研究将12个采样点分成12组(每个采样点的三个平行样归为一组),基于Bray-Curtis距离矩阵对各采样点种水平的物种组成进行NMDS分析,Stress为0.10969,表明结果具有一定的解释意义。保护长江上游鱼类资源任务重大。原创 2023-08-02 13:41:45 · 162 阅读 · 0 评论 -
聚焦甲烷循环,宏基因组分析项目再创新!
应用MCycDB对不同生境(热泉沉积物、海洋沉积物、淡水、泥炭地、冻土)的宏基因组测序数据进行物种和功能注释,该数据库能快速准确地分析甲烷代谢的微生物群落的结构和功能,具有高度的特异性、覆盖度和准确性,为研究微生物驱动的甲烷循环及其与其他元素的耦合机制提供保障。但红树林的沉积物碳不会永久保存,一些有机物会转化为CH4重新释放到大气中,先前研究已证实在红树林沉积物中有产甲烷菌的分布,然而对自然环境中尤其是红树林产甲烷菌的代谢途径和生态作用了解甚少。结果表明,发现在红树林沉积物中,原创 2023-07-31 09:57:56 · 173 阅读 · 0 评论 -
植物一区H&R | 植物生理组+转录组:揭示豆科植物响应干旱胁迫机制
在四个阶段中:充分灌溉(WW)、中度土壤干旱(MD)、重度土壤干旱(SD)和恢复阶段(RC,图1),两种作物的Tr均表现出日变化规律,最大值出现在中午附近(图2A),豇豆的水分利用效率(WUE)更高(图2B)。全面识别了受TOD、干旱及其交互作用影响的基因,毛豆和豇豆中分别有28个和39个聚类基因簇,土壤干旱和TOD在两种作物中以不同的方式相互作用,影响了芽基因的表达,从而形成了截然不同的水分利用行为。通过WGCNA分析,确定了17个与蒸腾速度相关的基因,发现了毛豆和豇豆中的20个基因模块。原创 2023-07-28 09:43:43 · 859 阅读 · 0 评论 -
Nat Biotechnol|MAS-Seq 方法学获生物科技领域权威期刊肯定
使用 PacBio Iso-Seq 测序方法可以捕获完整的转录亚型,但是因为通量有限,并没有被广泛应用,尤其是在单细胞转录组测序领域。短读长的RNA-seq已经被应用接近了20年,RNA-seq最常被用于分析基因的差异表达,从那时起它已经成为分子生物学中最常用的工具之一,极大的加速了我们对生物学的理解。利用T细胞分化过程中CD45的不同剪接模式,研究人员使用CITE-seq在蛋白质水平上对CD45亚型表达进行了正交验证,并将结果与使用MAS-ISO-seq检测的mRNA水平进行了比较。原创 2023-07-24 09:24:13 · 81 阅读 · 0 评论 -
COPB重磅综述:谷物中与育性恢复有关的基因家族
大约有21-32个分散的基因对应于拟南芥中24个分散的基因,其中许多是高度保守的,而且可能是同源的。该研究发现与育性恢复有关的RFL和mTERF基因家族显示了巨大的扩张和多样性,并揭示了这些基因的进化机制,为小麦和相关品种的杂交生产提供了新视野。总体而言,参考基因组序列和泛基因组序列的比较研究表明,谷物中恢复生育力基因的两个主要来源RFL和mTERF基因家族存在巨大的扩张和极端的多样性。RFL分支内的多样性是由导致不育的CMS基因和Rf基因之间的遗传相互作用驱动的。最近,在萝卜的Ogu-CMS系统中,原创 2023-07-21 10:01:47 · 64 阅读 · 0 评论 -
IF:21.1: 中国科学家发布微生物组R语言分析最佳实践!!
文章梳理了常用于数据预处理和可视化的常用的R包共计88项(C图),以及微生物群落分析的六大类分析的R包(D图 )(包括多样性分析、差异性分析、标志物识别、相关性及网络分析、功能预测及其他相关分析等),并针对不同的研究内容对应软件进行了详尽的优势介绍。南京农业大学袁军组&中国农业科学院刘永鑫组共同汇总介绍了基于R语言的324个常用R包的数据挖掘过程,根据微生物组研究的6大功能类别对这些R包进行了功能分类,不仅总结了微生物组数据分析中的常见内容,还对常用的集成R包的优点及局限性进行了细致介绍,原创 2023-07-20 10:56:42 · 221 阅读 · 0 评论 -
6月客户文章盘点——累计IF 136.4,平均IF 8.525
2023年6月,凌恩生物助力客户发表文章18篇(2篇预发表),累计影响因子136.4分,平均影响因子8.525分,其中包括Acta Pharmaceutica Sinica B、Journal of Hazardous Materials、Water Research 等在内的10分以上文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向,涉及微生物方向9篇,代谢组方向2篇,基因组方向9篇,转录组方向3篇。广西壮族自治区、中国科学院广西植物研究所。辽宁省海洋渔业分子生物重点实验室。辽宁省海洋与渔业科学研究所。原创 2023-07-14 09:30:33 · 133 阅读 · 0 评论 -
超级实用~低生物量的样本如何进行污染控制
记录阴性对照样本,如:不同国家地域,不同医院,不同类型的样本,批次来源(地址来源、DNA 提取批次,PCR 扩增批次和测序文库编号)。8. 如果认为可疑污染的菌群确实存在有意义,则应该使用不同批次的DNA提取试剂盒/试剂进行重复测序,理想情况下,应该用非测序方法(如传统培养或使用适当的探针进行原位杂交)来进一步证实他们的真实存在。7.测序后,要注意阴性对照中的分类单元,统计上与特定批次试剂相关的分类单元,以及生物学上无意义的分类单元,与之前报道的污染物相一致的分类单元。包括评估污染DNA的控制措施。原创 2023-07-10 15:05:06 · 85 阅读 · 0 评论 -
宏基因组碳循环高分分析思路,你值得拥有!
这是自然界碳循环的基本过程。通过建立完整的碳循环过程模式图,确定不同代谢过程所涉及的功能基因及其丰度计算方法,绘制环境样品微生物群落碳循环功能基因丰度差异比较图,进一步通过对识别到的相关功能基因进行物种分类学注释,识别不同环境样品中参与碳循环的主要功能微生物种属。宏基因组碳循环方案,基于宏基因组标准分析得到的KEGG注释结果,以及查阅大量基于宏基因组测序分析环境微生物群落元素循环的高分SCI文献相关资料,建立了完整的碳循环循环模式图,构建了包含19个关键基因,涵盖7个碳循环子路径的完整碳循环分析方案。原创 2023-07-07 15:23:34 · 607 阅读 · 0 评论 -
ISME|沈其荣院士团队最新研究表明土壤细菌挥发性有机物可减弱青枯菌致病能力
与原始无性系相比,H-VOC无性系和No-VOC无性系的最大生物量和生长曲线下面积均有所增加,生长迟滞期缩短(图4a)。然而,与无VOC无性系相比,进化出的H-VOC无性系表现出较低的生长速率和较长的滞后期,这表明生长成本与VOC耐受性有关。此外,除生长速率和滞后时间外,所有毒力性状之间均呈正相关,而与大多数生长性状呈负相关,表明生长与毒力之间存在平衡关系(图5)。)的基因的平行突变有关,这两个基因都与外膜对抗生素的渗透性和植物病原体的毒力有关。,当VOC浓度较高时,这种差异更大(图3)。原创 2023-07-03 10:21:01 · 107 阅读 · 0 评论 -
一文读懂高分文章必备分析-GSEA
是一个基因表达量矩阵,其中的样本分成了A和B两组(如上图),首先对所有基因进行排序(fold change),用来表示基因在两组间表达量的变化趋势。分成3个部分,重点为前两部分,第一部分为基因Enrichment Score的折线图,横轴为该基因下的每个基因,纵轴为对应的ES值,一旦基因集合确定,就可以从基因表达谱中计算这些基因FPKM值,用于寻找表达差异的关键基因并进行分类。,对应的在其峰值右侧的基因为该基因集下的核心基因,并在该组中低表达。对于该基因集下的每个基因给出了详细的统计信息,原创 2023-06-29 16:11:26 · 275 阅读 · 0 评论 -
多快好省!硫元素循环分析内容又升级啦!
通过建立完整的硫循环过程模式图,确定不同代谢过程所涉及的功能基因及其丰度计算方法,绘制环境样品微生物群落硫循环功能基因丰度差异比较图,进一步通过对识别到的相关功能基因进行物种分类学注释,识别不同环境样品中参与硫循环的主要功能微生物种属。元素循环是生物地球化学循环的重要环节,主要涉及碳、氮、磷、硫等元素的循环过程。凌恩生物强势推出基于宏基因组的硫循环研究方案,构建了完整的硫循环循环模式图,对宏基因组数据进行深入挖掘,各部分结果图可直接用于文章发表,充分满足您对元素循环的各类个性化分析要求!原创 2023-06-21 14:52:02 · 319 阅读 · 0 评论 -
GUT|IF30+的联合分析文章:宏基因加代谢组
这些差异代谢物(共1426个)称为“结直肠异常相关代谢物”,其中可以注释到数据库中有885个代谢物,基于这些差异代谢物,可以明确区分结直肠异常患者(C和A组)和正常个体(图1G和1F)。结直肠癌 (CRC) 患者的肠道微生物群落变化与血清代谢组的改变有关,肠道微生物相关血清代谢物 (GMSM) 的变化可以有效区分 CRC 、腺瘤患者与正常个体。为了进一步直接评估 CRC 相关肠道微生物组对血清代谢的影响,分析了异常结直肠患者与正常个体胆汁酸( CA )和次级胆汁酸 (DCA) 丰度的变化。原创 2023-06-14 14:44:53 · 519 阅读 · 0 评论 -
宏病毒组研究大放异彩!| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点!
野生动物被认为是新出现和重新出现的病毒的储库,以前研究报告中,蝙蝠和蜱虫携带可变的重要致病病毒,其中一些可能导致人类和牲畜的潜在疾病,而爬行动物携带的病毒却很少关注。文章收集36头亲代猪(18 头种猪 [杜洛克] 和 18 头怀孕/哺乳母猪 [长白])的54份粪便样本和18头后代猪在哺乳期(第3天)、保育期(第26、35和49天)、生长期(第120天)和育成期(第180天)的108份粪便样品,通过宏基因组测序表征不同生物分类水平的亲代和后代猪的肠道病毒组。新出现的病毒对人类和动物健康存在的持续威胁。原创 2023-06-12 10:22:27 · 809 阅读 · 0 评论 -
凌恩全新育种分析流程!助力种质资源高分文章发表!
模拟试验表明,相比于传统使用果长、果宽、长宽比等分解性状作图的方法,GM-FM精准度更高,检测果形QTLs的灵敏度也更高。果形是植物中一种复杂且多样化的性状,在葫芦科作物瓠瓜中尤为突出。如古老的地方品种、新培育的推广品种、重要的遗传材料,野生近缘植物以及利用上述繁殖材料创造的各种遗传材料,都属于种质资源的范围,是作物遗传改良和相关基础研究的物质基础。同时,基于GM-FM建立了解析瓠瓜复杂果形的新方法:先采集果实照片,滤除因缩放、旋转和平移等引起的变化后,再通过GM对每个形状的轮廓进行拟合。原创 2023-06-09 17:07:05 · 330 阅读 · 0 评论 -
干货第一弹!多组学联合分析之代谢组FAQ
按照 sMRM(Schedule Multiple Reaction Monitoring)的采集模式对样本中所含代谢物进行采集,可检测的物质是我们数据库中包含的代谢物,所以老师有关注的物质的时候需要做好售前咨询工作,避免出现关注的物质不在数据库中而导致检测不到的情况,也是相对定量。后续要进行一系列生信分析。客户已经明确要检测的物质,首先用这些物种的标准品,配置不同浓度的溶液,上机,绘制出标准曲线,建立检测该类物质的方法,验证方法的专属性、基质效应、精密度、准确度、稳定性等方面,属于绝对定量。原创 2023-06-08 11:52:25 · 803 阅读 · 0 评论 -
谈“污”色变!如何应对测序中常见污染
通过鼻咽拭子来检查婴儿鼻咽微生物群的发育,主坐标分析(PCoA)显示了两个不同的类群,1-6个月的样本与后续时间的样本明显可以区分开,证明鼻咽菌群与发育时间有相关性(图2a)。但是使用四批试剂盒提取样品,样品的群落特征取决于使用哪种试剂盒进行DNA提取(图2b,d,e),并且前两个试剂盒的相关OTU构成了样品reads的大部分(图 2d)。在DNA提取步骤中不添加样品模板,这些阴性对照样品通常会产生一系列污染的细菌物种,这在与相同批次的DNA提取试剂盒同时处理的人源样品中也经常可见。原创 2023-06-05 09:27:21 · 267 阅读 · 0 评论 -
凌恩生物文献分享 | 癌症领域新曙光——肿瘤内微生物
不同肿瘤类型在血管生成、氧水平、内吞和微胞作用活性、周围组织的微生物来源均存在差异,这些因素共同决定了肿瘤内微生物群的组成,并形成肿瘤特异性。未来的研究应重点研究肿瘤内微生物群的起源、细菌与肿瘤细胞之间的干扰以及这些细菌在TME中的功能和生理意义。这些研究证实了肿瘤内微生物群的预后价值,进一步证明了其在临床肿瘤进展中的作用。胞内和胞外空间在分子、生化和生物物理方面的巨大差异,与胞外肿瘤微生物群(ExTM)相比,胞内肿瘤微生物群(InTM)在肿瘤起始、肿瘤进展和免疫相互作用过程中可能具有完全不同的功能。原创 2023-05-26 09:28:15 · 730 阅读 · 0 评论 -
送送送!HiFi宏基因组+送16s rDNA测序啦!
HiFi三代宏基因组一经问世就备受瞩目,相对于传统二代测序技术以及PacBio CLR测序模式,HiFi数据读长更长、准确率更高、覆盖度更全面,能够轻松获得宏样本中完成图水平的MAGs,助力更全面的功能基因挖掘。16s rDNA测序联合HiFi宏基因组多组学研究,从大规模宏样本群落组学研究到精准的单菌MAGs,为后续研究生物功能机制拓展更多可能性,实属为优秀组合~做HiFi宏基因组送16s rDNA测序了!原创 2023-05-25 09:31:56 · 77 阅读 · 0 评论 -
人体样本? 一站式医学微生态研究解决方案来啦!
通过对SICM 、SNICM两组人群的粪便样本进行宏基因组测序,分析两组肠道样本的细菌、古菌、真菌、病毒,发现细菌和病毒具有一定的指示作用,进而对细菌及其噬菌体进行关联分析,发现克罗诺杆菌和克罗诺杆菌噬菌体具有良好的识别和诊断SICM的能力。该发现为SICM的诊断提供一个新的方向。该研究利用宏基因组测序,分析与脓毒症诱发的心肌病(SICM)有关的细菌、古菌、真菌、病毒,发现克罗诺杆菌和克罗诺杆菌噬菌体具有良好的识别和诊断SICM的能力。还在苦于已有的分析内容脱离医学临床实际而不知所措吗?原创 2023-05-15 10:15:16 · 354 阅读 · 0 评论