单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。2015年至今,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。
单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。单细胞在许多领域都占有一席之地,对于癌症早期的诊断、追踪以及个体化治疗具有重要意义
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单细胞测序
单细胞测序技术(Single cell sequencing)是在单个细胞水平上,对基因组、转录组及表观基因组水平进行测序分析的技术;
目前应用最多的是ScRNA-Seq; sc-RNA-seq的原理如下
基于标签(barcode)的单细胞识别。它的核心思想是:在对每个细胞的mRNA测序前做逆转录时,为其加上独一无二的标签序列。这样即便是混合起来测序,我们也可以把携带相同标签序列(barcode)的RNA片段视为来自同一个细胞。通过这种策略,我们可以通过一次建库,测得上万个单细胞的信息
针对具体的测序类型,给细胞加barcode的方案是有不小的区别的。对于RNA(转录组mRNA)来说,会比较容易理解一些。由于mRNA测序前需要做逆转录,那么我们只需要在poly T引物的5’端加入barcode即可 -
单细胞测序的流程
单细胞RNA测序的主要步骤有:
(1)分离消化单细胞 :一次处理的细胞数量(通量)
(2)将RNA转为cDNA:目标mRNA被转化为cDNA的概率(灵敏度)
(3)cDNA扩增 :cDNA扩增后读数能否与对应mRNA丰度成比例(定量准确性)
(4)数据分析:数据分析算法
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单细胞测序的应用
(1)探究组织在RNA水平上的异质性
(2)鉴定出器官如肾脏的细胞类型,研究终末端分化细胞的可塑性(plasticity)。
to be continued