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RSS订阅原创 【论文阅读】CROSS：基于跨域残差优化的有限角度CT结构强化重建
有限角度计算机断层扫描（）由于其在各种复杂扫描条件下的灵活性而成为一种有效的实际应用方法。然而，不完整的投影数据将导致严重的楔形伪影和图像退化，这大大降低了诊断价值。为了克服这一问题，我们提出了一种基于交叉域残差优化的有限角度CT结构强化(CROSS)重建方法。提出的CROSS框架包括三个步骤，分别在图像域和测量域交替进行。与传统的基于双域的算法不同，我们的CROSS方法不仅对图像空间的重建结果进行了正则化，而且对残差空间进行了正则化，在衰减系数较大的区域增强了器官的恢复。
2023-10-21 21:32:55
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原创 dynamo使用教程
相似的粒子与相似的参考有更高的相关性，最终会聚集在一起。每个粒子在表中都有一个条目，包含移动和旋转来描述它的方向(默认情况下，这些值初始化为零)。当您打开一个新的断层图时，请确保在被要求时从内存中删除模型池。这对存储在磁盘中的模型没有影响，并且为了确保您没有混合来自不同层析图的模型，这是必要的。对于现实生活中的断层图，请记住，在将文件加载到内存之前，您需要预先保存这些文件。在新窗口中，将数据名称更改为有意义的名称，例如thermosomeParticles，将边长从32更改为48，然后单击。
2023-10-17 20:08:01
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原创 【论文阅读】Cyro-EM数据处理软件Dynamo
首先，Dynamo允许用户透明地适应各种高性能计算平台，如gpu或CPU集群。其次，Dynamo通过GUI界面和脚本资源实现了用户友好性。第三，Dynamo通过插件API提供用户灵活性。除了校准和平均程序，Dynamo还包括用于可视化和分析结果和数据的本地工具，以及对第三方可视化软件的支持，如Chimera UCSF或EMAN2。作为这些功能的一个演示，我们研究了细菌鞭毛马达，并显示自动检测的类缺乏和存在的c环。
2023-10-13 11:00:28
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原创 【实操记录】Conda常用操作
清华源使用指南网站：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror低版本python安装opencv-python较慢，最后报错遇到问题的命令：解决方法：更改opencv版本 (py3.6对应的最高版本)(进入指定虚拟环境后也可用pip命令)jupyter notebook 添加虚拟环境先进入虚拟环境 (myenv更换为自己的虚拟环境名称)进入虚拟环境后，下载ipykernel最后重新进入jupyter选择虚
2023-10-11 10:24:23
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原创 【论文阅读】人乙型肝炎病毒和土拨鼠肝炎病毒小球形亚病毒颗粒的冷冻电镜结构
可检测到的乙肝表面抗原()的丢失被认为是慢性乙肝的一种功能性治愈方法。当然，乙肝表面抗原可以被整合到病毒粒子的包膜中，或者与宿主细胞中的脂质一起组装成亚病毒颗粒(到目前为止，还没有关于乙肝表面抗原的详细结构，已发表的SVP结构也存在争议。在这里，我们首次报道了由冷冻电子显微镜结合AlphaFold2预测确定的乙肝病毒()及其相关土拨鼠肝炎病毒()球形SVP的亚纳米分辨率结构。这两种结构都表现出独特的菱形双八面体对称性，24个突起的尖峰由带有4个螺旋结构域的小HBs Ag二聚体组成。
2023-09-15 19:57:17
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原创 【论文阅读】DeepContact:基于电子显微镜成像的MCS高通量量化
膜接触点（MCS）介导的细胞器间的相互作用在细胞中发挥着重要作用。对MCSs的定量分析揭示了在各种生理和病理条件下细胞反应。然而，目前还缺乏一种有效的定量分析工具，在这种背景下，作者就开发了DeepContact，一种用于优化细胞器分割和接触分析，基于无标签EM的深度学习协议。DeepContact在交互式可视化方面具有高效率和灵活性，能适应细胞器的新形态，并能识别多种宽度范围内的接触，从而能对多个系统中各种类型的MCS进行统计分析。
2023-09-13 21:36:20
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原创 【算法可视化】数据结构与算法可视化网站
【VisuAlgo】数据结构和算法动态可视化https://visualgo.net/zh【Data Structure Visualizations】https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Algorithms.html【Algorithm Visualizer】（提供java、c++、js代码）https://algorithm-visualizer.org/...
2021-03-26 20:41:57
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原创 JAVA参考网页
Java参考网页整体整体【Howj2】 Java基础教程https://how2j.cn/【廖雪峰】Java教程https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1252599548343744/1255876875896416
2021-03-07 21:50:42
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原创 【VSCode】 : launch.json常用属性
launch.json常用的具体含义如下：${workspaceRoot}the path of the folder opened in VS Code(VSCode中打开文件夹的路径)${workspaceRootFolderName}the name of the folder opened in VS Code without any solidus (/)(VSCode中打开文...
2020-03-09 20:26:47
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空空如也
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