【实操记录】png图片转nii.gz

需要安装的包：

pip install SimpleITK
pip install radiomics

代码部分

# 导入相关的包
import radiomics
import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np
import glob 

# 查看其中一个图片
img=Image.open('/content/test/Stack-100.png')
np.array(img).shape   # 需要转换为单个通道的灰度图
img_g=np.array(img.convert('L'))
img_g.shape

# 读取png的path
img_path=glob.glob('/content/test/'+'*')
allimg_array=[]
for i in img_path:
    img=Image.open(i)
    img_array=np.array(img.convert('L'))    # 转变为单通道的灰度图
    allimg_array.append(img_array)
print('总共图片数量：',len(allimg_array))    # 总共图片数量
print(type(allimg_array))

# 将list转为np.array
allimg_array=np.array(allimg_array)
allimg_array.shape      # 与之前读取的nii形状相同

# 通过sitk的包读取array，保存为nii
out_nii = sitk.GetImageFromArray(np.array(allimg_array))
sitk.WriteImage(out_nii,'/content/out_nii.nii.gz')