安装conda搭建个人生物信息学平台（Linux-centOS）

Conda是生物信息学分析中最常用的软件包管理工具，通过conda可快速的在不同的环境和依赖关系之间快速切换，且由于其是一个开源软件，广受使用者的青睐。
目前发布的Conda有Miniconda和Anoconda两个版本，前者为保存基本功能的简版conda，后者为包含更多的内置包，功能更加强大。

一、安装conda——以Miniconda为例

1 下载安装包

Miniconda作为一个开源软件，可直接从官网下载其安装包：

#下载安装包
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

2 安装

下载完成的安装包以可执行shell脚本的形式保存，直接指定bash运行即可安装：

#安装Miniconda
bash Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh

注意：请认真跟随上述脚本运行后出现的引导文档完成软件安装！

检查安装是否成功：

#查看帮助文档
conda -h

出现帮助文档即表明安装成功。

3 更新conda

#更新conda（跟随引导）
conda update conda

二、管理个人环境

conda的强大在与可创建并调用不同的环境来进行各种分析工作，并且各环境之间互不干扰。

1 创建个人环境

创建一个名为test的环境：

#创建环境env
conda create -n env

2 查看已存在环境

方法一：

#打印环境列表
conda env list

方法二：

#调出环境信息
conda info env

其实两个命令获得的结果是一样的：

3 激活/退出环境

激活环境：

#激活env环境
conda activate env

环境被激活后，提示符之前的环境名会改变base$\to$env。
退出环境时，直接切换为其他环境即可

#退出env环境，进入base环境
conda activate base

4 删除环境

删除环境后，环境中相对应的包以及依赖环境也会丢失：

#删除env环境
conda remove -n env --all

三、管理环境中的程序包

1 在conda库中搜索

在安装程序包时可提前在conda库中搜索，查看包(fastqc为例)是否可用：

#搜索fastqc包
conda search fastqc

在运行上述命令后，终端窗口可能会报错，这是因为部分包的channels不同（fastqc来自bioconda,生物学相关的大多数包都可在bioconda中找到）。在命令中指定特定的channel即可解决：

#使用-c参数指定channel
conda search -c bioconda fastqc

2 安装包

类似的，在安装时指定channels可更准确的安装：

#从bioconda安装fastqc
conda install -c bioconda fastqc

也可以在创建环境时直接安装：

conda create -n env -c bioconda fastqc

3 查看已有的包

#查看当前环境的包
conda list

四、channels管理

1 添加channels

以阿里云为例：

#添加channels
conda config --add channels http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud

2 查看channels列表

#查看channels列表
conda config --get channels

Ending!!!