快速下载GEO补充数据的方法

最新推荐文章于 2024-10-28 17:51:05 发布
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分类专栏： GEO 文章标签： 服务器 生物信息学 学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/129108538
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文章介绍了如何通过FTP链接下载特定文件，特别是从NCBI的GEO数据库中获取数据。用户需要注意不能直接通过点击复制链接来获取有效下载地址，而应使用正确的FTP格式，如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE号前三位nnn/GSE号/suppl/文件名。同时，推荐使用西柚云快传服务，输入定制的FTP链接和邮箱地址以接收下载内容。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

  1. 准备下载链接，这里注意不可以直接在下载内容旁边点击“复制链接”，因为这样得到的链接后下载得到的东西打不开（亲测）

这里的格式：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE号前三位nnn/GSE号/suppl/想下载的文件名

  1. 举例：最后的.tar格式就是GEO SUP里面的名字

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE151nnn/GSE151302/suppl/GSE151302_RAW.tar

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发现其文件有点多，而且一个文件 就67G了，在自己的电脑里面操作的可能性很小，所以就直接去服务器处理吧。当然了，后续的分析才是苦难的开始，虽然咱有普通atac-seq技术打底，学一个新技术会很快，但该有的挫折感并不会少！wget: unable to resolve host address 无法解析主机host地址解决办法。感兴趣的小伙伴也可以跟我一样，批量下载它们的结果，然后开启下游分析哦！一个很简单的shell脚本，就可以得到全部文件如下所示；发布于 2021-09-30 23:21。
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在Java编程中，GeoHash是一种将地理坐标（经纬度）编码为字符串的技术，便于存储、检索和计算地理位置数据。这个实例代码展示了如何将一个已经编码的GeoHash字符串解码回其原始的经纬度坐标。 GeoHash的主要思想是...
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如何下载NCBI的ftp数据 因为要从refseq中下载数据，知道 ftp 地址，浏览器打不开，用了好多下载工具都下不下来，所以有点难受。。。 一般的 ftp 下载链接是长这样的： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/001/696/305/GCF_001696305.1_UCN72.1 但无意间找到NCBI的FQA，所以找到了下载的方法（手动狗头） 主要的方法就是：把下载链接开头的 ftp 替换成 rsync，然后用 rsync 进行传输 这个也是可以使用
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