UCSF Chimera分子对接（autodock vina插件）结果可视化流程|5.18更新完毕

1. http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

2. https://vina.scripps.edu/

分别下载好
UCSF Chimera和autodock vina

安装好后打开Chimera1.16
open打开本地文件（从PDB下载的pdb格式文件）
fetch ID by 在线下载所需蛋白，这里下载的是1MOH

操作：

• ctrl 选中
• 左键旋转
• 中滚轮放大缩小

3.Presets

• Interactive 1 带

• Interactive 2 所有原子
  

• Interactive 3 疏水空间

*橙色疏水，蓝色亲水

棍棒模式显示

需要转换smile格式
打开http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html
左下绘制出所需要的分子信息

格式转换

eg：

得到的smile格式是
c1cccc(c1)C(=O)NCc1ccc(cc1)F

回到Chimera新界面
选择structure edit

打开1MOH，保存为hbm
现在处理残基
打开select–residue–all nonstandard勾选
接着：（去掉勾选的原子和键）

对接前蛋白最小化：
保存为ahb_c
Tool-Structure editing-minimize structure




处理结束后保存pdb文件

处理画面
select–rebbon–show
select–atoms/bonds–hide

open 打开刚刚保存的配体文件benzyl_4F.pdb

保存为benzyl_4F_AD.pdb

用auto Dock Vina进行处理
Tool–surface/binding analysis–vina
*建立对接口袋（大框），local选下载好的放vina的位置

警告溢出选yes就好

完成后展示页面，保存为benzyl_4F_AD_summary.pdbqt
点击不同的模型还可以看受体配体不同的结合模式，对接分数越低代表结合越稳定
负值越大约束力越强

除了负值最高的一个其余选中，然后点击purged清除掉。
保存为benzyl_4F_d.pdbqt

选- Interactive 2 所有原子
重新minimize一次





保存为pdb格式

save session as…

select-residue-UUK 就可以找到配体了

zone一般小于2.5

看侧链（相互作用的残基）

工具结构分析

关注H键

按住ctrl点击H，选择hide

上色

tools-rainbow 得到光滑的绿色和黄色

选择链A

-by heteroatom

或者按照元素

换成白底


调节深度

左右拉黄线调节


勾选sihousettes
width改为0.01
获得一个更明亮的轮廓

用ctrl选上残留物（残基）
打上标签




color处选residue labels

最后清除选择

save session

调整之后
save image
选jepg格式的，png格式有可能会丢标签！！