string+cytoscape 构建PPI蛋白互作网络

最新推荐文章于 2024-10-16 16:42:38 发布
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文章标签： 数据分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/Squirrelity/article/details/124616468
版权

string网站：https://cn.string-db.org/cgi/input.pl
genemania网站也可查看PPI：
http://genemania.org/

选multiple protein
分行输入基因名（ by Names / Identifiers ）

setting设置，exports输出
下载 as tabular text output 输出的文件（tsv）

cytoscape的用法
https://www.bilibili.com/video/BV1m34y1o7dK?spm_id_from=333.337.search-card.all.click
https://www.bilibili.com/video/BV1n34y1b7by?spm_id_from=333.880.my_history.page.click

import file-layout-选circle layout
style调试参数
apps-下载cytoNACs-常选bc betweenness
线改成弯线
attribute circle layout选四分之一圆放进去（杂志不允许过多空白）
调整，exports
效果：
在这里插入图片描述

Squirrelity
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科研绘图系列：R语言基因PPI互作网络图（PPI network plot ）
专注生信领域
08-30 1174
科研绘图系列：R语言基因PPI互作网络图（PPI network plot ）
基因互作网络分析图
kerry_ma的博客
05-19 1万+
材料：差异基因的 “Gene Symbol”
STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析
weixin_43029125的博客
10-16 6852
在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。
Cytoscape软件使用之STRING的PPI文本文件导入画连通图
铭&婵旭博客
03-10 6065
最近在用cytoscape软件分析我DGEs的蛋白互作网络图，用到了这个软件中的节点和边的设置，以及网络节点根据各种算法来布局。下面我将按照五个部分来介绍，分别是数据导入，节点设置，边设置，布局展示，图片/文件导出。说明下我的cytoscape是3.7.1的，安装的时候java环境是jdk8 一、数据导入 1、我们事先在STRING网站输入已经整理好的差异表达基因，然后会生成一个网络图，同时生成一个.tsv的文件，把这个文件下载下来，用Excel打开，里面就有我们连通的节点，以及其他属...
网络药理学：6、零基础复现一篇生信文章：中药-成分-靶点网络/同心圆图制作（导入网络报错解决）、PPI网络制作、String数据库、Cytoscape3.8.2（相关插件CytoHubba）使用教程
shanshan的博客
09-10 4739
所以新建第二列，将前30个靶点的第二列输入为1。后面的小图，在这里我们可以双击最大值和最小值的方框，输入对应的同心圆的半径，在这里我最大输入了120，最小输入了50，可以看到网络图不同权重的节点也有了大小之分。好的，接下来，我们选择最小的一批Degree值对应的节点（相当于同心圆的第三圈），如下，遇到了一个问题，就是这第三圈同心圆的半径实在是太小了，和第二圈挨得很近。就是PPI网络图中会出现的节点，因为我们要构建的网络图是“中药-成分-靶点”的图，所以节点一共会有三种，分别是“中药”、“成分”、“靶点”。
2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因
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bioprogrammer
08-18 3万+
文章目录论文地址STRING数据库PPI网络构建输入差异基因listPPI图保存结果cytoscape软件筛选hub基因、功能模块输入“string_interactions”文件用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因用MCODE插件，筛选功能模块 论文地址 STRING数据库 PPI网络构建 输入差异基因list 进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有...
string 包含_蛋白互作之STRING/Cytoscape
weixin_39671964的博客
12-16 2882
蛋白互作之STRING/Cytoscape蛋白互作网络蛋白互作网络是分子网络的一种，就蛋白质而言，包括蛋白-DNA互作、蛋白-RNA互作、蛋白-蛋白互作。今天讲的是蛋白-蛋白互作。互作关系包括抑制、激活、催化等，通过互作发挥特定的生物学功能。实验层面可以通过以下方式对互作关系进行验证。酵母双杂(Y2H)筛选、Co-IP和GST-pulldown验证。蛋白互作数据库STRING(https...
cluego使用说明_PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
weixin_39779739的博客
02-01 1301
欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。cytoscape 是一个功能强大...
String+CytoScape构建PPI网络
xiaobai1_1的博客
11-30 1万+
1.下载CytoScape Cytoscape是一款专业强大好用的物生信息分析软件，主要达用于专业的研究人员使用，软件主要适用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制，支持多种文件格式，导入后就可以直接进行编辑或者分析等操作了，除此之外，软件还提供了强大的编辑工具，支持添加相应的注释信息，软件基于java环境组件打造。 下载地址：https://cytoscape.org/ 因为软件基于java...
PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
Dzfly
01-07 1万+
PPI网络的构建与美化(String+Cytoscape)
PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。MCODE全...
PPI网络实战：String加CytoScape联手挖掘PPI网络
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STRING网站分析蛋白质相互作用
qq_27390023的博客
09-28 4403
STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义。 一般使用string在线数据库分析蛋白质相互作用数据文件，再使用cytoscape对网络进行下一步的分析或修整。 https://cn.string-db.org/cgi/input?sessionId=bQ2lYDwXJ23e&input_page_show_search=on不超过2000分析结果 可以下载到Cytoscape美化
下载STRING数据库检索互作关系结果为空，但是在STRING网站却能检索出互作关系，为什么呢？？？关键词用的是蛋白ID（ENSP开头）...
weixin_30709809的博客
06-18 1031
首先介绍下两种方法： 一、本地分析 1、在STRING数据库下载人的互作文件，如下图，第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2、在本地电脑上（linux），用grep 检索该蛋白的互作关系：ENSP00000359708 ，发现结果...
分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作
weixin_46500027的博客
04-04 1万+
今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
string数据库使用和实践的第二部分网页展示http://string-db.org/
mystrugglelife的博客
02-27 7789
主页protein-mode该模式中，string数据库能够预测到特定物种中的某一个蛋白质的相互作用关系通过该模式可以获取最多的特异性，但是覆盖面就会较小一些，原因是该模式中，string不会准确的去获取其他物种的直系同源物，取而代之的是通过序列中的相似性搜索来估计直系同源简单来说，物种间的相互作用关系信息的传递是基于“degree or orthology(直系同源度）”，（一种string用来...
蛋白质GO信息的一些数据库
weixin_34273046的博客
06-02 864
最近用到蛋白质序列数据，但是才发现蛋白质的编号主要分为两种：一种是ENSP开头，主要是在ensembl数据库查询asia.ensembl.org/Human/Search；而另一种是uniprot。www.uniprot.org/uniparc 另外还有几个非常有用的网站提供了大量资源。 string-db.org/cgi/input.pl comppi.linkgroup.hu/prote...
用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape...
weixin_34352449的博客
03-22 7367
igraph语法简单，画图快速。 Cytoscape专业，个性定制。   最终效果图：  当然也可以用Cytoscape来画。       参考：Network visualization with R Cytoscape http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml  ...
ios 部分string颜色_R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络（PPI）
weixin_35662670的博客
12-20 916
使用STRING构建蛋白互作网络（PPI）STRING 链接 https://string-db.org/ 数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码library(clusterProfiler) help(package="clusterProfiler") library(DOSE) data(geneList) geneLi...
ppi网络
最新发布
03-16
### PPI网络的概念与实现方法 #### 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络概述 PPI（Protein-Protein Interaction）网络表示的是蛋白质之间通过物理接触或其他方式形成的相互作用关系网。这种网络在生物信息学领域被广泛应用，主要用于分析蛋白质功能、预测蛋白质复合物以及揭示生物学过程中的分子机制[^1]。 #### 实验获取PPI数据的方法 为了构建PPI网络，通常需要依赖多种实验技术来收集蛋白质间的相互作用数据。常见的实验方法包括酵母双杂交系统（Yeast Two-Hybrid, Y2H）、共免疫沉淀（Co-immunoprecipitation, Co-IP）、质谱分析（Mass Spectrometry）和蛋白质芯片等。其中，Y2H利用报告基因的激活特性检测蛋白间的作用；而Co-IP则可以从复杂的样本中提取特定的蛋白质复合体。尽管这些方法提供了可靠的物理交互证据，但仍可能受到技术和假阳性的限制[^2]。 #### PPI网络的具体构建流程 构建PPI网络的过程可以分为几个主要环节。首先，在数据库查询阶段，可以通过访问公共资源库（如STRING、BioGRID或IntAct）检索已知的蛋白质相互作用记录。其次，对于目标蛋白质（例如ROCK1），可以在工具界面中指定其名称并设置相应的物种参数（如自动检测或手动选择人类/小鼠）。这一操作有助于缩小范围并提高准确性[^3]。 #### 常见的PPI数据分析工具与库 针对PPI网络的研究需求，目前有多个成熟的软件包可供选用： - **Cytoscape**: 这是一款强大的可视化平台，支持导入各种格式的数据集，并允许用户自定义节点属性和边权重以展示不同的互动模式。 - **NetworkX (Python)**: 提供了一套灵活高效的算法集合用于处理大规模图结构问题，适合开发定制化的解决方案。 - **igraph (R/Python)**: 可快速生成统计模型并对大型社交网络进行探索性研究。 以下是使用`NetworkX`创建简单PPI网络的一个例子： ```python import networkx as nx import matplotlib.pyplot as plt G = nx.Graph() # 添加节点代表不同蛋白质 proteins = ['A', 'B', 'C'] for protein in proteins: G.add_node(protein) # 定义两两之间的关联情况 edges = [('A','B'), ('B','C')] G.add_edges_from(edges) nx.draw(G
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