R语言基因表达量转换（TPM、FPKM、RPKM）

基因表达量一般以TPM或FPKM为单位来展示。

TPM，Transcripts Per Kilobase Million
计算公式：
TPMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+………+ Nm/Lm)
Ni：mapping到基因i上的read数； Li：基因i的外显子长度的总和

计算方法也同RPKM/FPKM类似，
先对每个基因的read数用基因的长度进行校正（标准化）
RPK <- count/(efflength/1000)

校正后的这个基因read数(Ni/Li)与校正后的这个样本的所有read数（sum(Ni/Li+………+ Nm/Lm)）求商
RPK/sum(RPK)

最后再乘以10^6
RPK/sum(RPK)*1e6

TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。

counts2TPM <- function(count=count, efflength=efflen){
  RPK <- count/(efflength/1000)   #每千碱基reads (Reads Per Kilobase) 长度标准化
  PMSC_rpk <- sum(RPK)/1e6        #RPK的每百万缩放因子 (“per million” scaling factor ) 深度标准化
  RPK/PMSC_rpk              
}  

tpm <- as.data.frame(apply(counts,2,counts2TPM))