RNA-seq入门实战（一）遇到的问题

已于 2022-07-08 11:48:59 修改
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文章标签： linux
于 2022-06-23 09:32:30 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/Squirrelity/article/details/125420861
版权

运行00_prefetch.sh 后，文章显示文件结构应该是这样的：
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

实际上我的是这样的：在这里插入图片描述

01_sra2fq_qc1.sh 中找不到fasterq-dump命令，使用$（which fastq-dump）则找得到fastq-dump命令。

养成将标准输出和标准错误输出一起导入文档的习惯。其中log_2无需mkdir，输入以下命令即会生成。

nohup bash  2_cleanfq_qc2.sh >log_2 2>&1 &

4.质控清洗
在这里插入图片描述

FastQC，fastqc使用说明

学习使用IGV查看拷贝数变异

Squirrelity
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