AutoDock Vina批量分子对接|Linux系统+Windows系统|R语言+Bash+Python|22.6.17更新

Squirrelity

已于 2022-06-21 09:00:24 修改

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文章标签： linux r语言 bash python 数据分析

于 2022-06-17 08:56:25 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/Squirrelity/article/details/125326468

版权

本文介绍了如何使用AutoDock Vina进行批量分子对接，涉及Linux和Windows系统的操作，以及R语言、Bash和Python的结合应用。首先，从特定资源获取受体和配体，接着配置对接信息，然后在Linux环境下执行批量对接任务，并在Windows下进行数据处理和热图绘制。提供详细步骤和相关代码链接。

摘要由CSDN通过智能技术生成

本文是关于一个受体与多个配体的分子对接批处理。
由于作者本人也是赶鸭子上架，写出来的脚本比较简单，请见谅。
此外，由于对某个语言某个包的喜爱与使用，作者用到的编程工具比较杂，但是可以作为思路参考。当然，如果您具备条件，也可以选择复刻，本文章的代码都被跑过，请根据自己需要修改参数（内含中文不能直接跑）与编程。

作者：Squirrelity（CSDN)

一、获取受体

WIndows 系统

从 https://www.rcsb.org/ 获取需要用到的蛋白，从Chimera/Pymol经处理后保存到文件夹receptor，命名为receptor.pdbqt

具体可见我之前的文章中第四步对接蛋白准备：https://blog.csdn.net/Squirrelity/article/details/124839353?spm=1001.2014.3001.5502

二、获取配体

WIndows 系统

此处需要批量获取分子信息，选用的网站上pubchem。所用到的编程语言是python。
首先是获取一份药物分子名称（或者是cid、分子构成等）的列表（根据你的需要，自行百度）
其次利用pubchempy包转换为cid
官方文档：
https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/guide/gettingstarted.html#retrieving-a-compound
然后根据cid批量下载分子的3D-SDF文件。这里我把文件命名为分子名称-cid.sdf的格式，便于以后分析。


```python
import pubchempy as pcp
file = open("含有药物分子名称的文件","r")
total = 分子总数
for name in file:
    print(name)
    compounds = pcp.get_compounds(name,"name")
    for compound in compounds:
        print(compound.cid)
        rs = name.rstrip('\n')
        sdfpath = "安装路径\\%s-%s.sdf" %(rs,format(compound.cid))
        try:
            pcp.download('SDF', sdfpath, overwrite=True, identifier=compound.cid, record_type='3d')
        except pcp.NotFoundError as e:
            print('No 3d Conformer for {}.'.format(compound.cid))
        total