Windows下sratoolkit使用步骤

1. 下载SRA Toolkit，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software， 比如widows如下

注意：务必记住自己的安装目录，比如我的安装目录为：C:\Program Files (x86)\ExtraSoftware\sratoolkit.2.9.0-win64\sratoolkit.2.9.0-win64

2. 按照文章的SRA码去官网下载数据

Step1：打开NCBI的SRA页面（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/），并输入SRA060929，点击search；如下，

Step2：获得页面如下，勾选需要下载的样本左侧，按下图指示勾选网页右侧内容，最后点击Create File 控件，网页会自动下载生成SraInforun.csv文件；

SraInforun.csv文件格式如下：

Step3：将上图中download_path列的链接放入用浏览器打开或者放在下载工具中，即可下载对应的SRA文件；

3. 下载后的SRA文件可以用sratoolkit的fastq-dump工具转换成fastq格式，以进行后续各种分析。Windows下的操作如下：

Step1：找到安装目录下的bin目录：C:\Program Files (x86)\ExtraSoftware\sratoolkit.2.9.0-win64\sratoolkit.2.9.0-win64\bin，将下载的sra文件复制到该目录下。

Step：打开cmd，然后输入命令cd C:\Program Files (x86)\ExtraSoftware\sratoolkit.2.9.0-win64\sratoolkit.2.9.0-win64\bin定位到bin目录下，

然后继续输入fastq-dump --fasta ×××.sra 回车即可生成fasta文件，文件会自动保存到bin目录下。