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RSS订阅原创 蝴蝶感觉组织中广泛存在的基因表达分化在生殖分离和物种形成过程中的作用
我们的研究结果有力地支持了三个物种中触角独特的化学感觉功能，Z染色体在种间分化中的重要性，以及非化学感觉基因在化学感觉组织分化中的不可忽视的作用。**总的来说，我们的研究结果提供了不完全生殖隔离下化学感觉系统多样化的全基因组说明，揭示了物种形成早期强烈的分子分离。在这里，我们提供了超越经典化学感应基因家族的化学感应遗传结构（感觉和辅助功能）的独特视角和相关观点，从而更好地理解有助于建立感觉组织的分子变化的幅度和复杂性生殖隔离和物种形成。
2023-05-29 15:28:09
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原创 第四代测序技术（纳米孔测序技术）
第四代测序技术（纳米孔测序技术） 纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。 第四代测序技术是真正实现单分子检测和电子传导检测相结合的测序方法，完全摆脱了洗脱过程、PCR扩增过程。作为最有希望实现1000美元基因组甚至100美元基因组的技术，纳米孔技术具有超高读长、高通量、更少的测序时间
2022-03-27 14:53:37
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原创 三代测序的简介和原理
三代测序的简介 第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技为代表，与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。测序时代的发展技术原理第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营：第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Hel
2022-03-26 17:17:00
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原创 二代测序的原理和简介
二代测序的简介 第二代测序（Next-generation sequencing，NGS）又称为高通量测序（High-throughput sequencing），是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。我们都知道一代测序为合成终止测序，而二代测序开创性的引入了可逆终止末端，从而实现边合成边测序（Sequencing by Synthesis）。二代测序在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记（一般为荧光分子标记）来确定DNA的序列，现有的技术平台主要包括Roche的454 FLX
2022-03-25 21:19:14
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原创 SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
sra文件下载方式NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
2022-03-24 19:14:42
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原创 一代测序：又称Sanger测序(多分子，单克隆)
第一代[DNA测序技术] (又称Sanger测序)在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用了不同策略的作图法、鸟枪法)，2001年完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础。一代测序的原理是首先在模板中分别加入A、T、G、C和四种ddNTP双脱氧核苷酸（加入ddNTP序列合成会终止）。第一个加入ddATP，这样每一个位置上的A位置会大量的被ddATP替代
2022-03-23 19:57:05
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原创 ROSLIND网站中的python village中的答案
网站:[http://rosalind.info/problems/list-view/]一个关于生物信息学基础Python的网站，再次我对于其中关于python village中的问题提供一些解决方案。**第一点 Python中的幂运算**# python中的幂运算a=3b=5print(a**2 + b**2)第二点 字符串的切片#字符串的切片string="HumptyDumptysatonawallHumptyDumptyhadagreatfallAlltheKingsh
2020-06-01 14:45:53
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原创 第五章 数据集准备与序列对比
分子数据获得自测数据：1PCR产物的直接测序或克隆测序 2 新一代高通量转录组或基因组测序序列拼接叠连群（contig）：拼接获得的较长DNA片段。软件：SOAP来源公共数据库的分子数据过程：1 确定查找的分类单元2 在NCBI主页上选择nucleotideshujuku3在返回结果页面的右侧有Organisms【tree】链接 可以点击{tree}查看一个分类单元被提交到Ge...
2020-05-27 11:53:06
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原创 3 系统树
3 系统树系统树：描述基因，个体，种群，物种，或种上之间系统发生关系假说的树状图。系统树的要素：分支型式（括扑结构） 分枝长度 树根 内部节点 外部节点、分支型式（括扑结构）:系统树最重要的特征。指分类单元在系统树上的分支情况，各分支的排列及相对位置。内部节点 外部节点：系统树的节点分枝长度：进化时间与进化速率的乘积（b=r * t）**注意：**不同数据类型之间没有可比性生物演化历...
2020-05-27 11:52:14
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原创 第6章 数据及系统发生信号评估
对准位点在QTL分为4类：不变位点可变位点单态位点简约信号位点**空位位点：**插入或缺失引起的**模糊比对位点:**出现在非编码区和RNA基因的可变区，没有把握对准的所有位点。数据集特征分析：组成偏向性（compositional bias） 组成偏向性差异很大，会引起组成异质性。稳态（stationarity）: A 占0.34 C占0.15碱基组成偏向性（bse c...
2020-05-27 11:51:50
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原创 第2章 系统发生分析基础
第2章 系统发生分析基础分子进化的动力1 突变基因水平：替换 缺失 插入 到位染色体：重复 缺失 易位 到位 异染色质增加分类： 中性 有利 有害突变率（mutation rate）10……-5中性理论：大部分突变是中性的2 自然选择衡量标准：适合度（fitness）3 遗传漂变遗传漂变定义(Drift): 指由于偶然发生的变动而造成下一代的基因频率不同于这一代的现象。...
2020-05-27 11:50:40
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原创 第8章 进化模型及其选择
邻接法邻接法：根据最小进化理论推出的一种推论叠加树的方法。一种快速的聚类方法，不需要关于分子钟的假设，不考虑任何优化标准，基本思想是进行类的合并时，不仅要求待合并的类是相近的，而且要求待合并的类远离其他的类，从而通过对完全没有解析出的星型进化树进行分解，来不断改善星型进化树。该方法通过确定距离最近(或相邻)的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。相邻是指两个分类 单位在某一无根分叉树中仅通...
2019-07-22 14:14:58
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原创 # 第一章 系统发生学概论
第一章 系统发生学概论1系统发生（phylogeny）分子系统发生（molecular ；phylogeny） 分子性状构建生物体之间的演化关系。系统发生学（phylogentics）谱系基因组学（phylogenomics）表征关系分支关系 ：物种或类群之间与共同祖先相对进度的关系。遗传关系： 1 垂直遗传（双亲遗传，母系遗传，父系遗传） 可以转化为物种树 ...
2019-07-22 13:55:50
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