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大健康,医学信息,临床检验诊断学及视觉设计的交叉碰撞。

专注计算机与医学的交叉融合,努力学习计算机的医学生。

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原创 芯片及转录组数据的批次矫正

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。

2023-11-21 14:58:21 191

原创 用R语言在图中添加注释信息

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。

2023-11-16 23:56:04 210 1

原创 用R语言来导出各种格式的图片

ggsave()欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。常见图片的格式包括:pdf,jpeg,tiff,png,svg,wmf。pdf,svg和wmf为矢量图格式,放大图片时不会出现模糊。jpeg,tiff和png为位图格式,调整文件大小时会出现模糊。ggsave()

2023-11-13 22:03:34 615

原创 折线图-R语言

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。折线图主要应用于时间序列数据的可视化。在折线图中,X 轴包括类别型或者序数型变量,分别对应文本坐标轴和序数坐标轴(如日期坐标轴)两种类型;Y 轴为数值型变量。面积图是在折线图的基础之上形成的,它将折线图中的折线与自变量坐标轴之间的区域使用颜色填充,这样可以更好地突出趋势信息。跟折线图一样,面积图可显示某时间段内量化数值的变化和发展,最常用来显示趋势,而非表示具体数值。ggplot2包的函数可以绘制折线图,函数可以绘制面积图,使用。

2023-09-29 13:44:50 881 1

原创 分组比较柱形图(含误差线)

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。

2023-09-19 11:15:28 82 1

原创 散点分布图(分组比较)

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。

2023-09-18 12:38:43 114

原创 数据分布图-直方图与核密度估计图

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。ggplot2包提供了函数和函数,可以分别绘制统计直方图和核密度估计图。binwidth(箱形宽度)和bins(箱形总数)。函数的主要参数是bw(带宽)和kernel(核函数),kernel(核函数)默认为高斯核函数gaussian,还有其他核函数包括triangularbiweightcosineoptcosine。

2023-09-16 22:13:41 919 1

原创 散点图-R语言

欢迎关注微信公众号(医学生物信息学),医学生的生信笔记,记录学习过程。

2023-08-31 21:28:58 1291

转载 单细胞-拟时序分析-R包SCORPIUS

注:代码转自生信技能树,仅做学习笔记。https://mp.weixin.qq.com/s/rho-EPb804bSd8w334BNQw准备工作, 安装及加载R包,载入数据,查看数据类型。install.packages("SCORPIUS")library(SCORPIUS)data(ginhoux)ginhouxclass(ginhoux)str(ginhoux)c<-ginhoux[[1]]g<-ginhoux[[2]]c<-ginhoux[[1].

2022-02-04 22:25:20 2389

原创 数据处理基础-R语言

目录数据的标准化字符处理函数①计算字符数量②提取或替换一个字符向量中的子串③另一种方式替换字符向量中的字符④分割字符向量⑤连接字符串⑥大小写变换⑦将连续型变量转换成因子⑧绘图函数:将连续型变量X分割为n个区间⑨连接对象函数z <- mean(x, trim = 0.05, na.rm=TRUE) 则提供了截尾平均数,即丢弃了最大5%和最小5%的数据和所有缺失值后的算术平均数。数据的标准化默认情况下,函数scale()对矩阵或数据框的指定列进行

2022-01-30 11:04:41 2077

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