VCF数据处理过程中在R语言使用到的函数

提示：主要为VCF格式数据处理过程中使用到的函数解释；持续更新中ing

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一、普通函数使用

str_c()函数

需要加载stringr包。通过分隔符合并多个字符串。

str_c(..., sep = "", collapse = NULL)

sep：字符串之间的分隔符
方法与paste0()类似，但注意二者之间的区别

is.biallelic()函数

is.biallelic(x)

x：an object of class vcfR
返回一个逻辑向量，判断一个变量是否是双等位体。一些分析或下游分析只对双等位基因位点起作用。这个函数可以帮助管理这个。

查询固定槽中的ALT列来计算等位基因。如果从gt插槽中删除样本，则可能会使修复插槽中的信息无效。例如，如果您删除具有备用等位基因的样本，您将使位置不变，此函数将提供不准确的信息。因此，如果您对数据进行了多次修改，请谨慎使用。

cat()和print()函数

cat(... , file = "", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL,
    append = FALSE)
    
print(x