统计fasta文件GC含量【Perl】

最新推荐文章于 2024-04-22 18:33:22 发布
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分类专栏： Perl 文章标签： 统计GC含量
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my $file="myseq.fa";open(FH,$file) or die $!;my $G_num=0;my $C_num=0;my $g_num=0;my $c_num=0;my $bases=0;while(<FH>){ if($_=~/^>/){next;} if(/C/){$C_num+= $_ =~ tr/C/C/;} if(/c/){$c...
摘要由CSDN通过智能技术生成 
#!/usr/bin/perl -w 
use strict;
my $file="myseq.fa";
open(FH,$file) or die $!;
my $G_num=0;
my $C_num
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Janton Wang
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Perl练习01之计算一条read的ATGC个数GC含量格式化输出
qq_21478261的博客
04-21 623
gccount_read.pl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $read = "AACAAACCCCTTTTCTCTATTAAAAAATACAAAATAGCTTAGCTGCGGCATAGTGGAGCACG"; my $G = ($read =~ s/G/G/g);#s为匹配表示匹配,($read =~ s/G/G/g)返回匹配次数...
python 去除换行符_技术贴 | Python：fasta文件处理和GC含量统计
weixin_33478634的博客
01-24 834
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路本文由阿童木根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。原创微文，欢迎转发转载。Fasta文件有两种常见的格式，一种是一行序列名加一行序列，另一种是一行序列名加多行序列(每60个碱基换行)。下面分享两个用python处理和统计第二种fasta文件的脚本：1. 去除fasta文件的换行符2. 计算[换行符分隔]fasta文件每条序列的GC含量二、去除fas...
perl实现计算GC含量
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#!/usr/bin/perl -w unless(@ARGV==2){ die "Usage: perl $0 <input_fasta> <output> error:$!\n"; } my($input, $output)=@ARGV; open INPUT, $input; open OUTPUT, ">$output"; #===============...
linux将一个文件移动或复制到另一个目录下（超详细）
最新发布
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在linux中将一个文件移动或复制到另一个目录下
使用python进行序列的GC含量的统计
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php 统计fasta 序列长度和GC含量
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最近php7的消息铺天盖地， 忍不住想尝试下。星期天看了下语法， 写个小脚本练下手； 这个脚本读取fasta 文件， 输出序列的长度和GC含量； &lt;?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fas...
fasta基因文件统计脚本
04-15
用来统计目标文件中GC含量，并且输出所有基因序列编号
gb2fasta：Perl脚本，用于将GenBank记录转换为FASTA格式
02-05
`gb2fasta`脚本使用Perl的内置功能和模块来解析GenBank文件，并将其内容转换成FASTA格式。GenBank文件包含了序列的详细信息，如物种信息、序列长度、注释、特征表等，而FASTA文件则只包含序列本身以及一个简短的描述...
分割fasta文件的python脚本
08-21
文件脚本可将大的fasta文件中的序列，按照个数均分，分割成多个fasta文件，便于对各个小文件中的序列进行后续操作
fasta文件的切分算法——java实现
03-25
用于切分fasta文件，因为是按行读取，可以做到切分后每个子文件大小基本一致，并不会改变fasta文件的格式 也可以用于切分普通文件，主要注释掉判断 包不包含>那个if就可以了 如要切分fastq文件，可以先将fastq文件...
phylip2fasta.py_fasta_phylip_
10-03
"phylip2fasta.py" 是一个Python脚本，它的主要功能是将PHYLIP格式的文件转换为FASTA格式。这两种格式都是用于存储核酸序列（DNA或RNA）或蛋白质序列的数据格式，但它们的结构和用途略有不同。 **PHYLIP格式**是由...
perl的fasta程序
01-02
perl的fasta程序 FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离单行蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，...
JFASTA:FASTA文件格式的Java实现。-开源
04-29
JFASTA是用于处理FASTA文件的轻量级框架。 它支持读取，写入和解析单个或多个FASTA文件。 文件可以一次读取/写入，也可以基于流读取（内存效率高）。 它稳定，非常直观，并且可以与Java 1.5 SDK及更高版本很好地集成...
pdb2fasta:一个简单的C库，可将PDB（蛋白质数据库）文件解析为FASTA文件
04-01
标题中的“pdb2fasta”是一个专门用于处理蛋白质结构数据的C语言库，它能够将蛋白质数据库（PDB，Protein Data Bank）格式的文件转换成FASTA格式的文件。FASTA是一种广泛使用的生物信息学格式，主要用于存储蛋白质或...
fasta_window_stats:Fasta文件上的序列模式
05-25
我们可能想对fasta文件进行计算的一些基本统计数据开始。 到目前为止，已实现了GC％，GC偏斜和滑动（以及可选地重叠）窗口中的唯一kmer计数。 如果人们可以看一下代码并找到使它更快的方法，那可能会很酷。 希望很快...
快速从fasta源文件中查询目标基因序列文件
04-15
快速从fasta源文件中查询目标基因序列文件 适用人群：从事基因组学研究的相关人员 优点：速度极快，并支持针对性查询
完成基因序列（fasta格式）的提取，核苷酸计数，GC含量计算，DNA 翻译为 RNA，RNA 翻译为 蛋白质，反向序列获取的相关函数
zhangyingna667的博客
03-30 2693
from __future__ import division#这是计算gc含量需要的模块，需要在首行导入，否则会报错 import re#04_3 DNA 翻译为 RNA时会用得着 #01打开下载的文件 with open('sequence01.fasta') as file: for line in file: print (line) #02把描述字段和序列分...
统计 fasta 文件序列长度及 GC 含量
weixin_30887919的博客
01-14 2369
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perl练习——FASTA格式文件中序列GC含量计算&perl数组排序如何获得下标或者键
weixin_34290631的博客
07-04 928
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如何写shell脚本统计fasta序列的长度和gc含量
06-01
可以使用以下shell脚本来统计fasta序列的长度和GC含量： ```bash #!/bin/bash # 读取fasta文件 ...该脚本首先读取fasta文件，然后使用grep和tr命令来统计序列长度和GC含量。最后，使用echo命令打印结果。

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