Perl练习01之计算一条read的ATGC个数GC含量格式化输出

最新推荐文章于 2023-09-08 16:23:57 发布

qq_21478261

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分类专栏： # 生物信息文章标签： perl

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这篇博客介绍了如何使用Perl脚本`gccount_read.pl`来计算一个read中的ATGC碱基个数，并进一步得出GC含量，结果显示在控制台和`GC.file`文件中。

gccount_read.pl

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $read = "AACAAACCCCTTTTCTCTATTAAAAAATACAAAATAGCTTAGCTGCGGCATAGTGGAGCACG";
my $G = ($read =~ s/G/G/g);#s为匹配表示匹配,($read =~ s/G/G/g)返回匹配次数个数
my $C = ($read =~ s/C/C/g);
my $A = ($read =~ s/A/A/g);
my $T = ($read =~ s/T/T/g);
my $total = $G + $C + $A +$T;
my $GC_P = ($G + $C)/$total;

#格式化输出printf
printf "\$G:%d\n\$C:%d\n\$A:%d\n\$T:%d\n\$total:%d\n\$GC_P:%.2f\n",($G,$C,$A,$T,$total,$GC_P);

#sprintf格式化不输出
my $result = sprintf("\$G:%d\n\$C:%d\n\$A:%d\n\$T:%d\n\$total:%d\n\$GC_P:%.2f\n",($G,$C,$A,$T,$total,$GC_P));

#输出到文件GC.file
open OUT,">","./GC.file";
print OUT

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