统计fasta文件每条序列的长度【Perl】

最新推荐文章于 2024-04-15 11:32:27 发布
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分类专栏： Perl
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本文链接：https://blog.csdn.net/W_LAILAI/article/details/103001086
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使用Perl语言，本文介绍如何高效地读取fasta格式的生物信息学序列文件，并统计每条序列的长度，为后续的生物数据分析提供便利。
摘要由CSDN通过智能技术生成 
#!/usr/bin/perl -w 
use strict;

my $file="myseq.fa";
open(FH,$file) or die $!;
my %hash;
my $id=0
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生信脚本练习（12）求fasta文件各序列长度并统计作图
49
08-20 6378
题目要求是要从一个fasta文件中统计出每条序列的长度分布，并作图。代码如下：import os import getpass import matplotlib.pyplot as plt usr = getpass.getuser() os.chdir('c:/Users/' + usr + '/Desktop') seq_len = {} # 把fasta文件全部读取做成字典，键是带‘>’的那
perl统计各个fasta序列长度及其出现次数
ncyujijian的博客
07-13 1320
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $seq; my %hash; my $id; my $length; ##读取句柄，input为标准fasta数据格式，即一行id,一行序列 open IN,"$ARGV[0]" or die $!; ##输出文件名已经固定 open OUT,">Read_stats.txt" or die $!; while (<IN>) { chomp; if (/^>\S+/) { my $
使用perl计算fasta序列长度
weixin_43840576的博客
12-03 3399
Fasta序列长度的计算的原理就是将不同染色体长度存入哈希，最后用length去计算哈希元素的长度。 perl脚本如下： #!/usr/bin/env perl use strict; my($name, %seq ); open IN, $ARGV[0]; die “Need the inut fasta.” if( ! defined $ARGV[0] ); while(){ chomp; i...
Perl 程序 计算各个 字段的长度
songlingmo686的专栏
05-22 705
具体请点击：http://www.verydemo.com/demo_c152_i49050.html 今天开始搭建MySQL数据库了，现在手里已经有每条记录了，字段间以'\t'分隔开，建表的时候需要确定个字段的长度，于是，写了下面的脚本，打印各字段的最大长度 源代码（maxlength.pl）如下: 1 #!/usr/bin/perl 2 my $in = $ARGV[0];
seqkit统计序列长度
最新发布
SUMPLUSS的博客
04-15 284
【代码】seqkit统计序列长度。
生物信息脚本练习（1） 找出fasta文件中大于500的序列
49
07-30 3877
最近做了一些生物信息的脚本练习。 这是第一个例子。 找出一个fasta文件中大于500的序列，并重定向到另一个新的文件中。 这个文件每条序列是如下的样子。 c100027.graph_c0|orf3 type=complete len=150nt loc=c100027.graph_c0:123-272:- ATGAGGATCTTTACGCCAAATGAGGGCCTTGTTGTTGA
FASTA文件分割
david10251025的博客
02-22 6937
FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件 假如有如下数据： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta CM000276.2 tgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcg...
提取每条fasta序列的前500bp【Python】
每天都要学Python的博客
07-03 1378
最近看到同学用Perl写了一个提取fasta序列前500bp的脚本，于是自己用Python也写了一个实现相同功能的脚本。 脚本内容如下： """ @author: will @Date: July 2019 @E-mail: willgyw@126.com @Description: """ import sys seq = {} res = open('500bp.fa', 'w') ...
统计.fa文件中序列长度
biolxy的博客
08-06 3635
perl /home/lixiangyong/software/length.pl Gma.glub.fa > length.txt
统计fasta文件中序列的长度并绘制直方图
sinat_40038704的博客
07-30 2990
""" 对fa文件中的序列进行处理 # 获取序列的id和序列信息 # 统计每个id对应的序列的长度 # 对序列长度进行统计 # 绘制直方图 """ import os import pandas as pd from collections import Counter import matplotlib.pyplot as plt import sys def read_seq(file_pat...
linux 下 统计字符串长度
weixin_33753845的博客
07-31 536
LINUX 下统计字符串长度，如在脚本中一个变量的字条串长度是否符合要求 EG: [nagios@zabbixserver ~]$ var=123456空格空格 [nagios@zabbixserver ~]$ echo $var | awk '{print length($0)}' 6 [nagios@zabbixserver ~]$ echo $var | w...
Python入门笔记(第五期——序列的应用1)
kun12343的博客
05-08 1324
前言： 本文章供python初学者自学学习，以后的话应该会每周末更新一次，因为本人也是在自学python，所以想借此来分享一波笔记。喜欢的话可以关注一下。 正文： 本章内容会很长，大家做好心里准备，不过也不要怕，不会太难，就是内容有一点点多。本章分为三个大模块：列表、元组、字典。 序列：一块用于存放多个值的连续内存空间，并按一定顺序排列 索引：序列中每个元素的编号。这个编号是从0开始的。 但是有一点要说的是：索引可以为负数（是不是很神奇）而且为负数时，倒数第一个数为 -1 。 ...
Perl_获得字符串长度_length($var)
kongjunlongaa的博客
07-16 6515
   例： my $var='\\';  #此处'与"括着的\\颜色一样 my $var1="\\"; my $len=length($var); my $len1=length($var1); print $len."\t".$len1."\n"; #输出1\t1\n $var='\n';  #此处'与"括着的\\颜色不一样； $var1="\n"; $len=lengt
perl数组长度计算
xrl2012的专栏
02-09 877
#取数组的长度可以用$i = @arr;#$i即可获取到数组的长度或者直接用scalar(@arr)获取数组的长度$#typeArr可以返回typeArr数组的最后一个元素的下标，比scalar(@arr)少1...
统计碱基长度
alnx37271的博客
10-06 801
转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6d4689260100x1mm.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_587cc04e0100v8mr.html 01#!/usr/bin/perl02#该脚本是统计一个文件内有多条所占行数不等的染色体序列的长度和ATCGN的数目。03while(<&gt...
统计 fasta 文件序列长度及 GC 含量
weixin_30887919的博客
01-14 2393
注：该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 awk '/^>/ {printf("\n%s\t",$0);next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < assembly.fasta | egrep -v '^$' | tr "\t" "\n" > assembly.fas 运行脚本 python ...
Perl实战：入门级FASTA文件序列长度与GC含量计算
在Perl语言入门实战习题中，我们将会探索两个与生物信息学相关的任务：计算FASTA文件中每条序列的长度以及计算GC含量。FASTA（File Format for Protein/DNA/Nucleotide Sequence）是一种常见的生物序列数据存储格式...
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