perl统计各个fasta序列长度及其出现次数

最新推荐文章于 2021-05-05 11:10:27 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107325087
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这篇博客详细介绍了如何使用Perl脚本来统计fasta格式的核酸序列文件中，各序列的长度及其出现次数。通过解析fasta文件，脚本能够帮助生物信息学分析人员快速获取序列长度的统计信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成 
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $seq;
my %hash;
my $id;
my $length;
##读取句柄，input为标准fasta数据格式，即一行id,一行序列
open IN,"$ARGV[0]" or die<
最低0.47元/天 解锁文章
小余吐泡泡
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统计fasta文件每条序列的长度【Perl】
W_LAILAI的博客
11-10 2427
#!/usr/bin/perl -w use strict; my $file="myseq.fa"; open(FH,$file) or die $!; my %hash; my $id=0; while(<FH>){ chomp; my $temp; if($_=~/^>/){ $_=~ s/^>//g; my $temp=$_; next; }...
统计fasta序列条数
david10251025的博客
02-22 4735
1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 # 通过搜索>的数量 grep -c '^>' myFasta.fasta 1397492 #seqkit统计提取，速度也是很快的 seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4 1397492 # 统计 1-100bp 范围长的序列数 cat t.fa | seqkit seq -m...
使用perl计算fasta序列长度
weixin_43840576的博客
12-03 3375
Fasta序列长度的计算的原理就是将不同染色体长度存入哈希，最后用length去计算哈希元素的长度。 perl脚本如下： #!/usr/bin/env perl use strict; my($name, %seq ); open IN, $ARGV[0]; die “Need the inut fasta.” if( ! defined $ARGV[0] ); while(){ chomp; i...
Perl 程序 计算各个 字段的长度
songlingmo686的专栏
05-22 697
具体请点击：http://www.verydemo.com/demo_c152_i49050.html 今天开始搭建MySQL数据库了，现在手里已经有每条记录了，字段间以'\t'分隔开，建表的时候需要确定个字段的长度，于是，写了下面的脚本，打印各字段的最大长度 源代码（maxlength.pl）如下: 1 #!/usr/bin/perl 2 my $in = $ARGV[0];
perl代码匹配fastq文件内特定格式的序列并统计
ncyujijian的博客
08-19 544
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $seq; my $bar; my %hash; open IN,$ARGV[0] || die $!; open OUT,">$ARGV[1]" || die $!; while (<IN>) { chomp; my $id = $_; my $seq = <IN>; my $add = <IN>; my $qual = <IN>; if (
gb2fasta：Perl脚本，用于将GenBank记录转换为FASTA格式
02-05
GenBank文件包含了序列的详细信息，如物种信息、序列长度、注释、特征表等，而FASTA文件则只包含序列本身以及一个简短的描述行。 使用`gb2fasta`脚本，用户可以轻松地将整个GenBank数据库或者单个文件转换。这个...
perl的fasta程序
01-02
FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离单行蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
filter_fasta_by_size.rar_fasta_filter 过滤脚本_按大小过滤reads
09-24
标题中的"filter_fasta_by_size.rar_fasta_filter 过滤脚本_按大小过滤reads"指的是一个专为处理FASTA文件设计的Perl脚本，名为`filter_fasta_by_size.pl`，它的主要功能是根据序列长度对reads进行筛选。这个脚本...
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02-25
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01-17
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用 perl 统计 fasta 文件序列的总长
weixin_30915275的博客
07-03 276
#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the ...
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在介绍summary.seqs的用法之前，我们首先需要搞清楚两个概念： 1）ambiguous bases 中文叫做模糊碱基，对于DNA序列来说，只有ATCG 4种碱基，在IUPAC定义的碱基标准中，出了上述4种碱基之外，还包括其他的碱基，可以代表不同类型的碱基 代码 英文含义 中文含义 G   Guanine 鸟嘌啉 A   Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine ...
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一、关于程序： FUN：计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比，输出最大值及其id INPUT：FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGA...
PERL统计单词出现的次数
chuweiqiao6143的博客
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常用Linux命令
修罗神的海岛
05-05 713
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oscar999的专栏
06-25 6670
有的时候有这些需求： 1. 统计一个文件的行数 2. 统计一个源代码的有效行数。排除空行和注释行 3. 统一一个目录下各种文件的数量和行数 要达成这些需求，很多语言多可以做到， 但是使用Perl 应该是一个不错的选择
统计.fa文件中序列长度
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08-06 3626
perl /home/lixiangyong/software/length.pl Gma.glub.fa > length.txt
Perl_获得字符串长度_length($var)
kongjunlongaa的博客
07-16 6484
   例： my $var='\\';  #此处'与"括着的\\颜色一样 my $var1="\\"; my $len=length($var); my $len1=length($var1); print $len."\t".$len1."\n"; #输出1\t1\n $var='\n';  #此处'与"括着的\\颜色不一样； $var1="\n"; $len=lengt
如何写shell脚本统计fasta序列的长度和gc含量
最新发布
06-01
可以使用以下shell脚本来统计fasta序列的长度和GC含量： ```bash #!/bin/bash # 读取fasta文件 fasta_file=$1 fasta=$(cat $fasta_file) # 统计序列长度 len=$(echo "$fasta" | grep -v "^>" | tr -d "\n" | wc -...
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