Linux中pdb文件生成dssp文件

Linux中pdb文件生成dssp文件

step1: 进入Uniprot下载相应蛋白质的pdb文件
step2: conda创建虚拟环境
step3: 虚拟环境中安装dssp

conda install -c ostrokach dssp

step4: 进入mkdssp所在文件夹中

which mkdssp
cd xxxxx

step5: 执行命令

dssp -i input.pdb -o out.dssp

补充：python批量pdb文件生成dssp

# -*- coding: utf-8 -*-

import os

"""
这个程序的目的是将linux下/home/jason/lab/448pdb/PDB448_399目录中的所有文件
批处理
将pdb文件生成dssp文件
到目标路径：/home/jason/lab/448pdb/PDB448_399_dssp中（该文件夹需要提前创建好）

"""
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/home/jason/lab/448pdb/PDB448_399')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
  #将字符串用变量表示
  input_file='/home/jason/lab/448pdb/PDB448_399/'+fileLine[i]
  #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名
  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
  output_file='/home/jason/lab/448pdb/PDB448_399_dssp/'+out_file
  #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%
  os.system('cd /usr/local/anaconda3/envs/cu10/bin/')
  os.system('dssp -i %s -o %s' %(input_file,output_file))