利用Python批量处理PDB文件生成dssp文件

——基于Linux系统

安装dssp包

conda install -c ostrokach dssp

对于单个PDB文件处理

dssp -i input.pdb -o out.dssp

批量生成DSSP文件

这个程序的目的是将linux下’…/…/data/test100/PDBfile’目录中的所有文件,批处理将pdb文件生成dssp文件到目标路径：…/…/data/test100/DSSPfile/中（该文件夹需要提前创建好）

import os
filelines = os.listdir('../../data/test100/PDBfile')#pdb文件
for i in range(len(filelines)-1):
    input_file = '../../data/test100/PDBfile/'+filelines[i]
    out_file=filelines[i].split('.')[0]+'.dssp'
    output_file='../../data/test100/DSSPfile/'+out_file
    # os.system('cd /home/anaconda3/envs/PD_zeta/bin/')
    os.system('dssp -i %s -o %s' %(input_file,output_file))