Linux下安装TMalign、IUpred2a和DSSP

1. TMalign

1.0 说明：

TMalign用于比较两个蛋白质在结构上的相似性。

1.1 下载：

wget https://zhanggroup.org/TM-align/TMalign.cpp

1.2 安装：

g++ -static -O3 -ffast-math -lm -o TMalign TMalign.cpp

1.3 运行：

./TMalign structure1.pdb structure2.pdb

1.4 参考：

[1]. https://zhanggroup.org/TM-align/TMalign.cpp
[2]. https://zhanggroup.org/TM-align/readme.c++.txt

2. IUpred2a

2.0 说明：

用于预测蛋白质中的无序区。

2.1 下载及安装：

下载地址：https://iupred2a.elte.hu/download_new
下完之后解压即可运行：

2.2 运行：

python3 iupred2a.py -a infile.fasta long
python3 iupred2a.py -a infile.fasta short
python3 iupred2a.py -a infile.fasta glob

2.3 结果示例：

# IUPred2A: context-dependent prediction of protein disorder as a function of redox state and protein binding
# Balint Meszaros, Gabor Erdos, Zsuzsanna Dosztanyi
# Nucleic Acids Research 2018;46(W1):W329-W337.
>QOW03345
# POS	AMINO ACID	IUPRED SCORE	ANCHOR SCORE
1	M	0.9604	0.5466
2	P	0.9423	0.5220
3	I	0.9257	0.5067
4	R	0.9040	0.4912
5	S	0.8713	0.4779
6	R	0.8488	0.4673
7	Y	0.8391	0.4564
8	S	0.8001	0.4457

3. DSSP

3.0 说明：

DSSP是基于蛋白质三级结构中主链二面角和氢键分析来制定蛋白质二级结构的工具，简言之就是从蛋白质的三级结构中获取蛋白质的二级结构。

3.1 下载及安装：

conda install -c salilab dssp

3.2 运行：

dssp -i infile.pdb -o outfile.dssp

3.3 参考：

[1]. https://anaconda.org/salilab/dssp
[2]. https://zhuanlan.zhihu.com/p/380242442