Linux 环境 JBrowse 的安装

1. 安装依赖包

sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker

2. 下载 JBrowse 的安装包

2.1 本地下载

官方网址:
http://www.jbrowse.org/blog/

2.2 代码下载

官方网址:
http://www.jbrowse.org/docs/installation.html

mkdir -p /var/www/html/jbrowse
cd /var/www/html/jbrowse
curl -L -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.8-release/JBrowse-1.16.8.zip

3. 解压编译执行

unzip JBrowse-1.16.8.zip
sudo chown `whoami` jbrowse
cd JBrowse-1.16.8
./setup.sh

./setup.sh 这条代码的过程中需要下载 perl 依赖的包, 需要很长时间. 可以查看当前路径下的 setup.log 这个文件查看进度, 若安装失败则可以查看原因.

成功后

4. 访问

4.1 安装 NGINX

链接:
https://blog.csdn.net/YKenan/article/details/100984302

4.2 修改 nginx.conf

路径: /var/www/html/jbrowse/JBrowse-1.16.8

向 nginx.conf 文件中添加的内容:

location ^~ /JBrowse-1.16.8/ {
	root /var/www/html/jbrowse/;
	index  index.html index.htm index.jsp;
}

路径 /var/www/html/jbrowse/JBrowse-1.16.8 中的 JBrowse-1.16.8 一定要与 location ^~ /JBrowse-1.16.8/ 中 JBrowse-1.16.8 保持一直

检验, 执行 nginx

4.3 访问

http://IP/JBrowse-1.16.8/