JBrowse基因组浏览器1-安装步骤
某些工具
sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker
安装node npm
# VERSION=v14.16.1
# DISTRO=linux-x64
# sudo mkdir -p /usr/local/lib/nodejs
#sudo tar -xJvf node-$VERSION-$DISTRO.tar.xz -C /usr/local/lib/nodejs
#vi /etc/profile
VERSION=v14.16.1
DISTRO=linux-x64
export PATH=/usr/local/lib/nodejs/node-$VERSION-$DISTRO/bin:$PATH
#source /etc/profile
测试
$ node -v
$ npm version
$ npx -v
安装nignx
1.前置环境
#yum install gcc-c++
#yum install -y pcre pcre-devel zlib zlib-devel openssl openssl-devel
2.正式
#wget -c https://nginx.org/download/nginx-1.12.0.tar.gz
#tar -zxvf nginx-1.12.0.tar.gz
#cd nginx-1.12.0
#./configure
#make
#make install
查找安装路径:
#whereis nginx
启动、停止nginx
#cd /usr/local/nginx/sbin/
#./nginx
#./nginx -s stop
#./nginx -s quit
#./nginx -s reload
开机自启动
即在rc.local增加启动代码就可以了。
#vi /etc/rc.local
增加一行 /usr/local/nginx/sbin/nginx
设置执行权限:
#chmod 755 rc.local
配置jbrowse
mkdir -p /var/www/jbrowse
下载
curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.3/JBrowse-1.12.3.zip
(最好使用此版本)
unzip JBrowse-1.12.3.zip
修改nginx配置文件 vi /usr/local/nginx/conf/nginx.conf
/var/www/jbrowse/JBrowse-1.12.3
执行 ./setup.sh
需要等好久
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