infercnv报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit

原创 已于 2023-11-30 09:15:17 修改 · 2.6k 阅读 · 7 ·
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于 2023-11-30 09:12:42 首次发布
本文讲述了在使用R语言的infercnv时遇到堆栈大小限制报错的问题，通过在终端查看当前堆栈大小并进行适当调整（如增大至16M或设置为无限制），然后重启R环境来解决该问题。

问题：跑R语言infercnv时，报错Error: C stack usage 7969732 is too close to the limit

解决方式：调整堆栈大小

step1. 在terminal端先查看当前堆栈大小

 ulimit -s

 R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'

可以看到R的堆栈大小7969177，小于报错中的7969732

step2. 在terminal端扩大堆栈，然后重启R即可

ulimit -s 16384 # enlarge stack limit to 16 megs，或者ulimit -s unlimited
 R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'

YZJenny
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