读文献先读图：GSEA图怎么看？

GSEA的定义

GSEA（基因集富集分析）是一种用于评估基因集在基因表达数据中的富集程度的方法，判断这些基因集对特定表型的贡献程度。

GSEA的用途

生物学研究：帮助理解基因如何在特定条件下调控特定的生物学过程，如癌症发生、免疫、代谢等。

疾病研究：通过基因集合的富集情况，揭示不同疾病或临床状态下的潜在生物学特征，找到生物标志物。

药物开发：分析药物作用下基因集的富集情况，识别药物可能作用的靶点和信号通路。

转录组数据解读：在处理大量基因表达数据时，GSEA可以帮助减少数据维度，聚焦于功能上相关的基因集合，而不是分析单个基因。

GSEA结果怎么看?

①富集分数

②指标排名得分

③红色区域表示在上调的基因，蓝色区域表示表达下调的基因，反映了基因在条件下的表达变化趋势。

④黑色线条展示基因集中每个基因出现在基因排序列表中的位置，每一根线条代表基因集中的一个分子，可以看出那些基因再富集评分中贡献最大

⑤富集曲线表示ES评分的过程，绿色曲线的峰值表示基因集的最大富集程度。峰值为正表示富集通路上调，峰值为负表示富集通路下调

⑥每个基因的排名指标得分，表示基因与表型的相关程度。零交叉点是从正变为负的位置，帮助区分正/负相关的基因。

GO、KEGG、GSEA分析之间有什么区别呢？

GO分析基于基因本体，主要用于描述基因和蛋白质的功能。它包括三个主要方面：分子功能、生物过程和细胞组分，更偏向于单个基因的功能归类。

KEGG分析，主要用于探讨基因在特定代谢通路或信号传导通路中的作用，常用于分析差异表达基因在某些已知的生物学通路中的富集。

而GSEA分析可以在不做差异分析的情况下，找到和性状相关的通路\基因集合，可用于任何基因集合，包括GO、KEGG等