gsea富集分析结果怎么看_简单的GSEA分析

对于差异表达基因，除了使用GO和KEGG进行富集分析外，还可以进行GSEA富集分析。在之前课程中：GSEA分析，有讲如何使用GSEA桌面化软件进行分析，操作十分简答，虽然偶尔会出现内存溢出或者数据格式不正确等异常报错。这里介绍一下一个更简单的GSEA分析方法，在我们公众号的网站上：

GSEA工作界面

进行GSEA分析

01

上传数据

数据格式为csv文档，打开的csv文件应如下所示：第一列为geneSymbol，第二列为log2Foldchange。(示例数据可在粉丝群获取)

02

选择Signature

目前只支持C5,C6 gene signatures。关于GSEA中Signatures的详细介绍，可以点击“Learn more about Signatures”进行了解。目前比较常用到的是C5，进行基因的富集分析。

03

开始计算

在上传完数据，且选择好Signature之后，点击“Analyze”，对数据进行分析。这个时候耐心等待就好。我做了一下测试：500 个geneSymbol，利用C5 signature，耗时约为3min；C6耗时约7min?。

04

查看结果

分析结果完成之后，会在结果界面出现如下提示，点击Results，查看分析结果。

分析结果是一个汇总的网页，熟悉GSEA的小伙伴一定都不陌生啦！一共有499个gene，其中可以与数据库matched，有424例。

查看具体的富集分析结果

以上是GSEA的在线分析流程，操作十分简单。同样地，注意事项只有：注意上传的数据格式！注意上传的数据格式！注意上传的数据格式！