R包国内镜像设置

命令行设置R更新源

创建文件 R.home()/etc/Rprofile.site

设置更新源

 local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
       r["CRANextra"] <- "http://mirrors.aliyun.com/CRAN/"
       options(repos=r)})

注意 $Rhome 可能是 /usr/local/lib64/R 或者 /usr/lib64/R

常用镜像地址

Name	URL	host	type
China (Anhui) [https]	https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/	中科大	CRAN_mirror
China (Anhui)	http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/	中科大	CRAN_mirror
China (Beijing) [https]	https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/	清华	BioC_mirror
China (Beijing)	http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/	清华	BioC_mirror

rstudio设置更新

修改文件 $Rhome/doc/CRAN_mirrors.csv

Name,Country,City,URL,Host,Maintainer,OK,CountryCode
"Aliyun",China,HangZhou,http://mirrors.aliyun.com/CRAN/,"阿里云代理","admin # Xdmc.org",1,cn
...

之后在rstudio中，断网可以选择该代理。
更准确的是，打不开http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv的时候可选。
该方法从函数chooseCRANmirror的代码看到

修改Rstudio的默认配置

见下图

本地安装源码包

 

install.packages("path/to/pkg/package_name.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

 

R包相关操作

 

# 查看R包安装位置
.libPaths()

# 查看已安装的包
installed.packages()

# 查看包版本
packageVersion("package_name")

# 更新包
update.packages("package_name")

# 加载包
library("package_name")
require("package_name")

# 查看加载的包
.packages()

# 移除已加载的包（将包从R运行环境中移除）
detach("package_name")

# 彻底删除已安装的包：
remove.packages("package_name", lib = file.path("path/to/library"))

CRAN镜像下载安装包

 

# 从CRAN镜像下载安装包
install.packages(pkgs, repos = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

# 从BioC镜像安装包
biocLite(pkg, siteRepos = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

常用函数

 

# 查看当前镜像地址
getOption("repos")

# 查看R_HOME地址
R.home()

R_HOME/doc/CRAN_mirrors.csv
R_HOME/doc/BioC_mirrors.csv

将镜像添加到配置文件

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 .Rprofile (linux 下位于 ~/.Rprofile )。

在文末添加如下语句:

 

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")