R包选择镜像以及本地安装

1、bioconductor选择镜像：

选用中科大镜像

PS：如果biocLite出错，重新打开R就好了

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

biocLite("methylKit")

2、本地源码安装包：

源码编译安装的时候，要将源码压缩成tar.gz格式再安装,zip格式会出奇怪的错误。

install.packages("C:/Users/f/Desktop/methylKit_1.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

下面是一篇精简后的博文

如何选择“最快”的镜像下载R包

每次装R包都是各种各样的问题。

但发现一个最普遍的原因就是网速不行。

那怎么办呢？

换镜像。

一般来说，大多数人的CRAN Mirror都只有一个选项——”China Beijing4”\

据人了解，此镜像由清华大学电脑协会（TUNA）维护，目的是为了方便清华学子。

而对于无法接入清华大学校园网的网友来说，速度大打折扣。

这也就是为什么有时候选了此镜像还是很慢。

相对而言，中科大的镜像（USTC）速度杠杠的。

那么我们平时如何调用他们呢？

少说废话，上硬货！

bioconductor

 这里如果出错，需要重新打开R

中科大在13年3月1日建立了中国第一个Bioconductor镜像。

1. source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
2. options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
3. biocLite("你所需要的bioc包")​

 

当然，如果你闲到蛋疼，也可以尝试自己制作bioconductor的镜像

具体可以参考以下网站的介绍

http://www.tengfei.name/BiocWithTea/chapters/Development/mirror-bioc