pydicom提取图片偏绿(光度解释异常)的处理方法

问题

从pydicom直接提取的图像显示偏绿色。原因是光度解释异常，图片存储的颜色空间不是RGB。

处理方法

先从dicom文件的标签(0028, 0004) photometric interpretation读取格式，遇到偏绿的情况是因为该标签的类型为YBR_FULL或者YBR_FULL_422，颜色空间与RGB差距大。使用pydicom自带的函数convert_color_space进行色彩空间转换回RGB即可解决这种问题。但convert_color_space函数不支持MONOCHROME1和MONOCHROME2类型。支持类型具体查看pydicom官方文档。

Code

from pydicom.pixel_data_handlers.util import convert_color_space
import pydicom
import cv2
# 此处省略一些非核心代码
if __name__ == "__main__":
	# 读取dicom文件
    ds = pydicom.dcmread(dicom_path)
    # 当数据维度大于2，证明有多张图片，当前文件是单通道的图
    if len(ds.pixel_array.shape) > 2:
    	for index in range(int(ds.pixel_array.shape[0])):
    		# dtype根据dicom标签(0028, 0100) Bit Allocated位数决定
    		img = np.asarray(ds.pixel_array[index], dtype='uint8')
    		# 颜色空间转换
            img = convert_color_space(img, 'YBR_FULL_422', 'RGB')
            # 后续操作...