生物信息学
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CBC2022 关键基因、通路与药物发现
第七届中国计算机学会生物信息学会议预测新的疾病基因。差异大对研究问题的科学问题就一定大吗? 很多很问题。Q and A?原创 2022-12-04 11:25:22 · 61 阅读 · 0 评论 -
[生物信息]临床研究统计分析成长营14天班
线性相关分析,要求两个被分析的变量都是正态分布.电视数量和身高之间,有相关关系,没有因果关系.原创 2022-08-07 00:31:14 · 185 阅读 · 0 评论 -
【生物信息】影像组学入门实践成长营(14天)
组学在近几年仍然是研究的热门方向,每一年文献库中的paper都在不断增长,那整个组学的发展历史和未来的研究方向是怎样的呢?我们先把医学成像技术发展时间线拉出来自1895年X-rays被发现,随着医学成像技术的快速发展,126年以来,X-Rays到在现代临床实践中使用CT、MRI及正电子发射断层扫描(PET)等技术,医学成像技术已得到显着扩展。受益于计算机技术及硬件的不断发展,基于影像进行定量分析的纹理分析和Radiomics也分别在1973年和2012年应运而生。自此,拉开了影像组学发展的序幕。......原创 2022-07-15 22:12:49 · 3399 阅读 · 1 评论 -
【生物信息】蛋白质交互课题思路成长营(14天)
在直接机制研究中,有四种二元交互的典型模式蛋白结合DNA、蛋白结合蛋白、RNA结合RNA、RNA结合蛋白。在我们的日常科研中,作为生物功能的直接行使者,主要依赖的是蛋白质之间的相互作用。当蛋白-蛋白交互发生在细胞核内,多半跟转录调节有关,主变量即便不是转录因子,它的交互变量也可能是转录因子;如果是发生在细胞浆的,就是执行各种生物学功能,包括传递各种信号。如果是与胞膜蛋白的胞内段发生交互,就是信号的感受。分泌到胞外,就是介导细胞交互。...原创 2022-07-15 20:13:34 · 217 阅读 · 0 评论 -
【生物信息学】外泌体miRNA成长训练营(14天)
现阶段,miRNA的研究已经进入了白热化时代,不管是什么研究方向,科研者皆是熙熙攘攘,这也致使miRNA研究越来越难冲击高分文章。所以江湖传言,miRNA似已过时。其实,这并非事实,而miRNA作为科研新手之友,从SCI灌水到冲击10分大关,它都有套路可以学。所以本期《miRNA研究套路课》训练营依旧秉着“文章模块化拆解”的核心思想,剖析经典文献范例,以便总结出miRNA研究的标准配备模板。....................................原创 2022-07-15 19:50:13 · 391 阅读 · 0 评论 -
生信文章复现营-97期 第一天(共三天,因后两节课形式内容大同小异故不做笔记记录了)
众所周知,仙桃是个全能的工具,五个模块功能包括:👉文献检索工具👉生信分析工具👉写作工具👉数据集检索👉数据库索引很多小伙伴们说,仙桃学术是不是只适合肿瘤方向的啊,很多复现的推文都是肿瘤相关的~本期训练营就手把手教你两篇非肿瘤文章是如何使用仙桃零代码复现的~我们会带大家使用仙桃工具零代码复现文章涉及的图表,【明晚7点】助教老师会以文字分享的形式带着我们手把手演示复现步骤~基于生物信息学的研究,调查小儿败血症中潜在的差异表达基因和miRNAs所以,我们在训练营期间,【限时】开放第一篇文章用到原创 2022-04-21 20:02:01 · 2740 阅读 · 0 评论 -
microRNA-disease关联(图中的关联、graph中的关联)预测方法分类综述(类别、分区、年份、期刊、基本内容)
基于嵌入的方法根据节点间的链接学习节点的嵌入,然后使用嵌入计算相似度得分。(常用的计算方法有点积、拼接或者相加后使用MLP)。基于嵌入的方法又可分很多类(基于矩阵分解、基于随机游走、基于GNN图神经网络、基于传统机器学习算法的、基于深度学习算法的)包括传统的统计机器学习、深度学习、图表示学习(图表示学习-图嵌入技术、图表示学习-图神经网络技术)下面标题的分类方法得益于2022年的综述,和关联预测的一片论文。至此,在写材料时,可减少对早期经典文章的引用,因为已经落伍了。不同的作者对于分类方法持有不同的观点。原创 2022-04-19 11:21:55 · 215 阅读 · 0 评论 -
影像组学训练营 第三天(共三天)
文章目录影像组学论文剖析文章宏观分析文章背景介绍影像组学模型构建高质量标准化MRI影像数据获取及分析感兴趣体积VOI分割图像预处理特征提取特征一致性评价第七步 特征选择数据库一,数据库简介:四,相关研究Research Activities问答环节1.老师好 现在有什么方法做影像组学于基因组学的联合分析么老师,想做超声方向,请问怎么查找超声组学的相关文章,用什么关键词呢?老师好 基因数据和影像学数据一定是得同样本么? 发高分,60例患者够么?影像组学论文剖析今天要分享2篇比较基础的影像组学文章检验一下原创 2022-04-15 15:50:41 · 3372 阅读 · 1 评论 -
影像组学训练营 第二天(共三天)
临床研究的3,2,1 逻辑昨天最后一部分,我提到了临床研究的3,2,1法则,不少同学还有一些疑惑不知大家是否还记得,我说过弄懂影像组学的概念,可以和小护士讲明白我们做什么研究,但真正的高逼格在于一句话就把能把整个研究讲个大概3,2,1;33包括X(自变量,也叫预测变量),Y(因变量,也叫结局变量),Z(协变量)。举个俗套也是最好理解的例子,探究吸烟对肺癌的影响;这里吸烟就是X自变量,是否得肺癌就是Y因变量,这里得Y就是一个二分类变量,不同的因变量Y决定了具体研究方法的选择那么协变量Z是什么呢原创 2022-04-13 21:50:29 · 2801 阅读 · 2 评论 -
影像组学训练营 第一天(共三天)
文章目录影像组学简介影像组学流程第一步:Imaging,图像收集获取第二步:ROI/VOI分割第三步:图像特征提取 Feature extraction第四步:特征选择和建模课后思考和答疑问题:影像组学简介影像组学,英文叫Radiomics。Radio-mics = Radiology + OmicsRadiology:放射学,指的是医学影像,比较好理解。说几个我们平时比较常见的:x线,CT,核磁,核医学(包括PET/CT和SPECT/CT),介入等有的小伙伴可能会问,哪个设备目前比较好发文?原创 2022-04-12 22:30:15 · 7062 阅读 · 1 评论 -
【基因组学】非编码RNA基础-microRNA
1历史2000年左右的时候,有五六个物种的基因组已经被测通了。从1993年的线虫,到2000年植物、动物中,DAN转录后得到pri-miRNA,长度为几千个碱基,根据放大后的结构,我们称之为颈环结构或发卡结构。pri-miRNA经过Drosha这个蛋白切割以后,变成了60-70个碱基长度,称作pre-miRNA,前体RNA 。然后,被EXportin5等,从细胞核运送到细胞质当中。经过Diver把环给切掉,保留两个茎,称作双链小RNA。双链解体后的每一个茎,都称作一个单独的miRNA,有.原创 2022-03-31 00:28:22 · 3250 阅读 · 0 评论 -
“干湿结合”套路模式成长营 课程笔记
文章目录课程大纲第1节课细述了生信研究分析的文章特点(结构特征和具体流程);第2节课则讲解了生信研究分析的要素结构(恒量变量参数体系)以及四大分析模块(挑、圈、联、靠)。ceRNA纯生信套路成长营是解螺旋最新推出的一种专项特训学习营,主要针对一种研究套路或一种科研核心技能,进行2周的综合课程学习,通过带教督学结合知识点拓展的模式,高效准确地领悟技能&套路。在学习课程的同时会安排相应的作业练习和学习总结,帮助你更好地理解所学内容,14天从入门到精通一项科研技能。生信季成长营包括如下几个:课程大原创 2022-03-30 17:10:47 · 1502 阅读 · 0 评论 -
生物信息学-山大精品课
文章目录常用专业名词定义生物信息学(山大国家精品课)第一章:绪论1.1 课程介绍1.2 探索生物信息学神秘岛1.3生物信息学究竟是神马?1.4 这门课到底学什么?第二章:生物数据库(第一部分)2.1为什么需要生物数据库?2.2生物数据库的分类2.3文献数据库2.4一级核算数据库GenBank2.5一级核酸数据库:人的基因组数据库 Ensemble2.5.2 一级核酸数据库:微生物宏基因组数据库 JCVI2.6二级核酸数据库第二章:生物数据库(第二部分)第三章:序列比较 第一部分3.1 认识序列3.2序列相似原创 2021-09-24 19:54:37 · 535 阅读 · 0 评论