从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

R，治世能臣；Cytoscape，乱世奸雄，两位爱卿可否通力协作，助我顺利毕业？然也！

最近在Cytoscape的mail-list上一个很热门的话题就是如何在R中调用Cytoscape绘制复杂的生物网络，从而将R强大的统计功能，尤其是igraph，sna等复杂网络分析包跟Cytoscape灵活的可视化复杂网络分析功能及众多插件结合在一起。昨天，Cytoscape的核心开发人员，UCSD的Keiichiro Ono在Cytoscape的wiki上发了一篇对此的简要教程，Cytoscape And R。

在R中调用Cytoscape绘图，基本原理就是利用Cytoscape的RPC插件和Apache的XML RPC库在本机上启动Cytoscape的RPC服务，然后在R中用经过修改的XMLRPC包访问Cytoscape的RPC服务，从而实现R和Cytoscape的交互。

1. 安装Cytoscape RPC插件。

• 从其官方网页上下载最新版的Cytoscape RPC插件，在我码这篇文章的时候最新版是0.95。把Jar文件拷到plugin目录。
• 然后到Apache的web serive开发项目组网页上下载XMLRPC库，解压后把lib目录下的xmlrpc-common-3.1.3.jar, xmlrpc-server-3.1.3.jar, ws-commons-util-1.0.2.jar三个文件拷到Cytoscape的plugin目录。