cytoscape使用方法_关于这种“网络模块”和“模块饼图”的可视化方法

关于这种“网络模块”和“模块饼图”的可视化方法 知道好多同学都很好奇这种网络图，特别是右边这个是怎么得到的，本篇就作个简单操作演示。 左图：简单展示了一个微生物关联网络，图中每一个节点代表一种OTU，节点颜色表示该OTU所属的微生物分类单元(这里以门水平划分)，节点之间的边表示OTU之间存在正相关 (红色边)或负相关(蓝色边)关系；对网络拓扑结构分析时划分了模块，并在网络可视化时按模块将 OTU聚类后以不同的圈展示。这种网络图突出微生物节点间的互作状态和类型。 右图： 统计了网络中各模块内，不同类别微生物所包含的节点数量，并绘制以饼图表示。 此时将微生物节点之间的关联交互淡化，更突出各模块内微生物的分类组成。

关于网络模块：在网络拓扑结构分析中，通过数学方法划分的模块实际上是对节点聚类的过程，结果将是，划分为同一模块内的节点之间往往连接紧密，不同模块间的节点之间连接较少。

当然如果只是这样描述似乎没有任何生物学意义，微生物网络模块的实际价值体现，还需结合具体的文献来理解了。例如这是某种理解方式：模块可以代表相似的生态环境，模块内的物种归因于生态位重叠而通常存在更多的交互，这种交互可以是有利的合作也可以是资源竞争；模块间的物种交互较少，归因于隔离，意味着物种间的共发生模式受到阻碍。(大神师兄们曾这样教导俺