BEDTools简介、安装与部分工具使用简介

简介

1、概述

BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。

2、与BEDTools使用相关的基本概念

已有的一些genome features信息一般由BED格式或者GFF格式进行存储。

• genome features: 功能元素（gene）， 遗传多态性 (SNPs, INDELs, or structural variants), 已经由测序或者其他方法得到的注释信息，也可以是自定义的一些特征信息。
• genome features的基本信息： 染色体或者scaffold的位置， 起始位置，终止位置，哪条链，feature的name
• Overlapping / intersecting features: 两个genome features的区域至少有一个bp的共同片段

3、BED和GFF文件的一个差异

BED文件中起始坐标为0，结束坐标至少是1,； GFF中起始坐标是1而结束坐标至少是1。

安装

注意：下面的代码中是需要下载的工具的版本号

1	curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.******.tar.gz > BEDTools.tar.gz

2	tar -zxvf BEDTools.