Error in if (n ＜= length(x)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

library('microbiomeMarker')
library("tidyverse")
library('phyloseq')
library('magrittr')
 otu <- read.csv("merged_otutable.csv",header = TRUE,row.names = 1)
 otu %<>% as.matrix()
 otu %>% head()

env <- read.csv("metadata.csv",header = TRUE,row.names = 1)
tax <- read.csv("merged_taxonomy.csv",header = TRUE,row.names = 1)
tax %<>% as.matrix() 
 physeq <- phyloseq(
     otu_table(otu,taxa_are_rows = TRUE), 
     tax_table(tax), # 数据格式必须是矩阵，否则会改变行列名
     sample_data(env)
 )
physeq
adj <- tax_table(physeq) %>% apply(.,2,function(x) length(unique(x)))
lefse <- run_lefse(
              physeq,  
              norm = "CPM",
              group = "species",
              multigrp_strat = TRUE,
              wilcoxon_cutoff = 0.05, # 筛选阈值根据自己数据设置。
              kw_cutoff = 0.05/adj, # 筛选阈值根据自己数据设置,此处进行bonferroni校正。
              bootstrap_n = 50, # LDA的bootstrap迭代次数。
              lda_cutoff = 2 # 筛选阈值根据自己数据设置。
          ) 
lefse %>% marker_table() -> res.diff
#write.csv(res.diff,"bacspe.diff.csv",quote = FALSE)

cols <- RColorBrewer::brewer.pal(2, "Dark2")
pdf("bac_spe_lefse_cladogram.pdf",
    width = unit(16,"cm"),
    height = unit(16,"cm"),
    family="Times")
plot_cladogram(
  lefse, 
  # 颜色数需要与enrich_group分类水平数保持一致。#
  color = cols[seq_along(res.diff$enrich_group %>% unique)],
  only_marker = TRUE,# FALSE图中展示所有数据，TRUE表示只展示差异显著数据。
  branch_size = 0.2, # 分支粗细
  alpha = 0.2,# 阴影颜色透明度
  node_size_scale = 1, # 节点大小
  node_size_offset = 1.1,
  clade_label_level = 7, # 添加分支标签的最大分类单元，其余分类单元注释作为图例，数值越大代表的分类单元越高。
  clade_label_font_size = 2,# 分支标签大小
  annotation_shape = 22,
  annotation_shape_size = 2,
  marker_legend_param = list(
    ncol = 2, # 图例排2列。
    direction = "horizontal" # 水平放置。
  )
  ) +
  theme(
    plot.margin = margin(0, 0, 0, 0),
    legend.position = "bottom"
    )
dev.off()
 

Error in if (n <= length(x)) { : missing value where TRUE/FALSE needed

group=2时出现的error，n>3时不会出现。曾阴差阳错解决过，找不回来方法了，求解决方法