官方sample
1.
Loading sample sheet...
BT4741 BT474 ER Resistant Full-Media 1 bed
Error in if (file.info(peaks)$size > 0) { :
missing value where TRUE/FALSE needed
文件缺失,检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在(我也不知道为什么它会自己删掉)
实操
1.
Responsive Mock 1 bed
Error in if (file.info(peaks)$size > 0) { :
missing value where TRUE/FALSE needed
1)文件无法对应,检查工作目录下peaks文件夹里文件与csv peaks一列是否为一一对应
2)无法找到文件位置,用这个来检查
(samles是我的被读取的csv文件)
file.info(samples$Peaks)
3)文件本身出问题了
我本人就是按照tamoxifen样板叫学姐吧broadpeak文件压到peak里面结果文件无法读取(摊)
2.
dba.contrast这一步出现的问题
Warning message: No contrasts added. There must be at least two sample groups with at least three replicates.
这是找不到对照,检查你代码和csv文件
dbObj_contrast <- dba.contrast(dbObj_count, contrast=c("Condition","WT_M","KO_M"))
dba.contrast(对象,contrast=c("列名”,“对照1”,“对照2”))
3.
dba.contrast这一步出现的问题
Computing results names...
Error in DESeq2::estimateDispersionsGeneEst(res, quiet = TRUE, maxit = 10) :
the number of samples and the number of model coefficients are equal,
i.e., there are no replicates to estimate the dispersion.
use an alternate design formula
这里是因为我一个对照只设置了一个样本,然后搜了搜目前还没有特别好的解决方法
所以就把原先合并的文件给换成合并前的几个文件了
4.
Error: DESeq2 analysis has not been run for this contrast
这里是因为DESeq2因为某种原因没有跑,我是偷懒想在一个文件里面弄多组对照所以出现了这个问题,可以通过查看dbObj来看看是否运行了DESeq2
样板文件里面有这个↑而我的没有