背景
由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的非对称模型,固体采用之前发布的博客方法,液体使用packmol软件建模。
注意事项
身为一个建模新手里的熟手,竟然有翻车的时候:运行后疯狂报错,而且都是之前没见过的错误
排错流程:
1. 查看log,发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用
2. 查看input文件,和之前的成功运行文件对比,没有发现明显错误。说明input正常(pbs默认正常)
3. 经过以上排错,问题只有可能发生在【液体的data】内容
这是我的原始设置(分别是mix文件和d4l文件,由于是非对称模型,经过我缜密地计算,zlo为2,zhi为70比较合适)
结果,经过packmol后的数据值为:
这个位置我还设置了固体的坐标,不报错就怪了...
发现错误,及时改正,就是好同志。
是的,聪明的同学已经明白了
packmol会根据【hi与lo的差值,对称建模】
想非对称的话,简单粗暴手动解决~