保姆级教程 | packmol注意事项

背景

由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的非对称模型,固体采用之前发布的博客方法,液体使用packmol软件建模。

注意事项

身为一个建模新手里的熟手,竟然有翻车的时候:运行后疯狂报错,而且都是之前没见过的错误

排错流程:

1. 查看log,发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用

2. 查看input文件,和之前的成功运行文件对比,没有发现明显错误。说明input正常(pbs默认正常)

3. 经过以上排错,问题只有可能发生在【液体的data】内容

这是我的原始设置(分别是mix文件和d4l文件,由于是非对称模型,经过我缜密地计算,zlo为2,zhi为70比较合适)

结果,经过packmol后的数据值为:

这个位置我还设置了固体的坐标,不报错就怪了...

发现错误,及时改正,就是好同志。

是的,聪明的同学已经明白了

packmol会根据【hi与lo的差值,对称建模

想非对称的话,简单粗暴手动解决~

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