第一次用很多功能还未掌握,排版随性。
希望给大家分享我的小白流程(称不上教程),如有错误,各位前辈平复心情予以指正
背景:
win版的Gaussian+win版的Multiwfn搭配还蛮方便,但是这边是Linux版的Gaussian+win版的Multiwfn,每次下载以及最近在做一项工作时需要copy出Multiwfn的输出结果,发现界面不能复制(可能是我手残不会),每次自己去输入Excel表就有点麻烦,想到搞一个Linux版的Gaussian+Linux版的Multiwfn。
说明:
我也是根据【Sobereva@北京科音】前辈提供的流程按步骤摸索的,这里只是起到搬运工和总结梳理流程的功能,想要学的更深更透(知道做这些步骤的原因)可以根据我提供的网址去查阅前辈的讲解。如果用到了记得按照要求进行引用【Sobereva@北京科音】的相关文章!
另外,我是根据我自己的服务器账号情况进行的设置,最后成功运行了,大家不确定的可以先去学第一个步骤里提到的PDF对应章节(内容不长)
步骤:
1.网址:http://sobereva.com/multiwfn/

第一个红框中PDF,2.1.2中有Linux version的详细安装说明(英文),我就是根据这个流程进行的
第二个红框,下载Multiwfn的Linux版本到本地,然后上传到服务器自己的账号下
2.网址:https://motif.ics.com/motif/downloads

单击红框,下载motif安装包到本地,然后上传到服务器自己的账号下
3.在自己服务器账号下创建一个Multiwfn的文件夹,把之前两个压缩包上传,解压如下
zip的:
unzip Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip
rpm的:https://blog.csdn.net/yu12377/article/details/77332455
rpm2cpio motif-2.3.4-1.x86_64_0.rpm | cpio -div
4.设置环境变量等(假设我之前解压到/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux)
命令行输入:
vi ~/.bashrc
补充下面的内容进去:
# For Memory (remove the the stack limit)
export OMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited
#Multiwfn
export Multiwfnpath=/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux
export PATH=$PATH:/home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux
5.上面的步骤中还有一个是在命令行运行:
/sbin/sysctl -a|grep shmmax 检查SysV分配给存储片段的大小,因为我的服务器账号显示很大,满足PDF中说的512M,所以没有详细展开描述,有需求的朋友可以移步PDF再补充检查下

6.添加权限
chmod +x /home/multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux/Multiwfn
另外,需要根据自身服务器情况修改setting.ini中CPU核数的朋友也需要移步PDF,我记得是2.1.1有(我不用懒人脚本一步生成,所以就先不改了)懒人脚本网址:http://sobereva.com/476
7.重启账号就可以开始使用
我已经用服务器的Linux版本Gaussian获得了优化及单点计算的.chk文件,并转换成.fchk文件,如何转换或者不确定Multiwfn是否能处理自己的结果文件格式,也可以去学习一下(网址:http://sobereva.com/379)
最后举个例子试验一下成功与否(真空下的RESP):
cp /home/Multiwfn/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux/examples/RESP/calcRESP.sh ./
chmod +x calcRESP.sh
./calcRESP.sh SP_gas.fchk
vi SP_gas.chg

第一列是原子名称,二三四是xyz坐标,最后一列是RESP电荷值,我检验过了,和Win版计算结果一样。成功!
PS.我在最后运行时出现了这个界面

可以根据上面的提示进行关闭,对结果没有影响
学习2h,总结2h,成就感up了!有什么不足之处欢迎指正~~~