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1原创 读博的点点滴滴
2022/5/5 科研的热情晚上和三位老师、师兄一起讨论，数据是bulk RNA-seq，我曾分析过第一批样本，对数据和分析流程比较熟悉。当时每个样本没有设置replicates，所以补做了实验，师兄答辩后就接手了自己的课题。师兄讲的过程中，刘老师听的极为认真，思维很活跃，很有热情很有感染力。在我眼中杂乱无章的信号，在刘老师眼中都是可以挖掘的要点，都可以做，都能搞一篇大的，已经看不过来了，不停地喊博后师姐记录“支，这个点记一下”。古老师也是，“博览古今”，能够准确地说出XX年的文章做了XX，但一直.
2022-05-06 16:59:39
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原创 外显子bed文件获取
去年打通了WES流程，但是中间一个环节一直不放心，就是bed文件的获取。开始是根据CCDS导出的。今天发现安捷伦官网上有靶向的区域。附上网站。Agilent SureDesign需要注册，然后找到数据位置，因为我的数据是SureSelect V6版本，所以选了划线的bed。选取“region”这个文件。...
2022-04-18 14:22:18
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原创 Seurat包AddModuleScore用在bulk RNA-seq数据
代码改的比较粗糙，自用。AddModuleScore_bulk <- function (object, features, nbin = 24, ctrl = 100, k = FALSE, name = "Cluster", seed = 2022) { set.seed(seed = 2022) features <- lapply(X = features, FUN = function(x) {.
2022-02-26 13:25:50
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原创 超几何累积分布检验overlap
复现文章中检验基因的overlap使用R中的phyper函数实现：-log10(phyper(58, 555, 19738-555,660, lower.tail = F))#[1] 14.44417扩展：phyper(x, m, N-m, n, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)文章[1] Moncada R , Barkley D , Wagner F , et al. Integrating microarray-ba...
2021-09-13 16:19:58
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原创 R循环分配变量名
使用assign函数可以实现。for (ii in seq(1, 10, 1)){ nn <- paste0('N', ii) print(nn) data <- c(ii, ii+1, ii+2) assign(nn, data)}
2021-08-30 11:30:40
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原创 Linux常用命令
彻底删除文件rm -rf <path> 查找文件(iname会忽略大小写)find <path> -name/iname <filename>
2021-08-29 20:55:17
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原创 生信R包安装
infercnv, 需要先安装JAGSJAGS手动安装失败conda install jags 进入R环境install.packages("rjags")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("infercnv")# testlibrary(infercnv)...
2021-08-29 20:53:40
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空空如也
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