外显子bed文件获取

最新推荐文章于 2023-08-17 16:59:29 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 生物信息学
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去年打通了WES流程，但是中间一个环节一直不放心，就是bed文件的获取。

开始是根据CCDS导出的。今天发现安捷伦官网上有靶向的区域。附上网站。

Agilent SureDesign

需要注册，然后找到数据位置，因为我的数据是SureSelect V6版本，所以选了划线的bed。

选取“region”这个文件。 

LinzyLee
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专栏目录
如何获得hg38外显子的bed文件？
weixin_40594350的博客
04-18 3849
一、bed文件介绍 bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。 bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视
统计bed区间大小并作图
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qq_27390023的博客
04-27 223
BED（Browser Extensible Data）文件是一种常用的生物信息学数据格式，通常用于存储基因组注释信息、基因结构信息、染色体区域信息等。它是一种文本文件，由多行组成，每行代表一个基因组上的特定区域或特征。BED文件的每一行包含一系列由制表符（\t）分隔的字段，这些字段描述了特定区域的属性。首先计算了每个BED区间的长度，并统计了长度的频率。然后，我们使用 Matplotlib 绘制了直方图，其中 x 轴表示长度，y 轴表示频率。参数指定了每个条形的宽度，参数指定了条形的对齐方式，
全外显子测序(WES)由入门到精通记录
heroacool的专栏
01-07 4813
背景 作者是一个没有生信背景知识的程序员，近期对全外显子测序有些感兴趣，因此记录一下学习过程，和大家共同进步。 预备知识 WES基础知识 什么是基因 什么是DNA 二代测序基础知识 等位基因 软件安装 bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa make 由于bwa的makefile没有写intall的脚本，所以我们直接将编译的目录加入到环境变量中， vim ~/.bashrc export PATH=${PATH}:/usr/local/cud
生信常见文件格式 bed
Xtaotech的博客
02-14 8189
bed文件是记录基因组位置信息的标准文件格式，同时也用于存储与位置相关的信息，例如在ChIP-Seq 分析中，长以bed文件存储检测信号强度的信息、结构变异检测（SV）结果也可以用bed文件或bedpe文件进行存储。可以说，bed文件格式的应用范围非常广泛。 除了bed文件之外，gtf文件格式和其发展版本gff文件格式，也是常用的记录基因组区间位置的文件格式；GATK 团队针对基因组版本管理的基本需求，规定了interval list 文件格式强绑定bed文件与基因组之间的依赖关系等等。这类文件的基本规则
全外显子组测序的bed文件如何制作
weixin_69556916的博客
08-17 472
后面是对最终的结果进行排序，先按照第一列进行排序（-k1,1）再按照第二列以数值的方式进行排序（-k2,2n）。最后，再用bedtools把可能有重叠的部分整合之后，就能得到我们想要的结果。然后用gtf文件处理。
生信小tips
Yuan_CHarLoTTe的博客
12-30 2437
说明：做生信过程中有很多小细节需要注意，留个备忘录方便后面查找命令 对染色体命名列内容修改 第一列为染色体号，如果要修改成chr格式 sed -i -e 's/^/chr/g' （）.narrowPeak
利用deeptools来做基因在genome上的分布图
ccc_bioinfo的博客
03-23 4035
需要做一个感兴趣的基因的测序数据在基因组上的分布profile，deeptools可以解决这个问题，记录一下过程。 1、安装deeptools pip install deeptools 2、准备bw和bed文件 （1）bw bw即样本测序数据的bigwig文件，之前做过，也是用deeptools的bamCoverage就可以实现。 bamCoverage -b sample.bam -o sample.bw （2）bed bed即感兴趣的基因在genome上的位置，我先用10个基因测试，10个基因的en
furry-couscous:简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。同时检查geneID是否有效
03-18
毛茸茸的蒸粗麦粉简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。还检查geneID是否有效。如何使用所有成绩单获取平面文件：在UCSC浏览器中。选择轨道NCBI RefSeq-表RefSeq Select（获取此表的autodl）...
对ChIP测序后bed文件的预处理
03-14
基因测序后bed文件的预处理，提出起始位点，在cmd中运行perl run.pl 文件名.bed即可（必须在run.pl所在的目录下比如在D盘，那再cmd中就是D：perl run.pl 文件名.bed）
bedtorch:用于BED文件操作的快速本机工具套件
04-04
床火炬动机bedtorch的目标是提供R中固有的快速BED文件操作工具套件。 在生物信息学研究中，一种重要的工作类型与BED和类似BED的文件操作有关。 仅举几个例子： 根据长度过滤cfDNA片段鉴定与某些基因重叠的基因组区域...
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快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ，外显子组或靶向测序。 mosdepth可以输出： 每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。 给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV...
Truseq_hg19.bed
06-19
全外显子测序的bed文件,适用于Truseq全外显子测序试剂系列的捕获序列信息
gfftobed:转换GFF3GTF到BED
04-23
该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个...
通过bed文件获取基因序列（fasta）
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行！
10-12 4883
文章目录bedtools、getfastarefnote bedtools、getfasta ref bedtools getfasta doc note 安装： conda install bedtools 参考文件： 需要提前下载好fasta文件 最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成） 语法： bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> 如： bedtools getfasta
基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件
xcaryyz的博客
02-05 1万+
原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_80572f5d0102x5m7.html genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。 Bed文件和GFF文件
高通量测序分析工具Bedtools使用介绍
悟道西方
04-03 1万+
http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/ Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，其主要功能如下： bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis. usage: bedtools &lt;subcommand&gt; [option...
玩转基因组浏览器之展示bed文件
庐州月光的博客
03-10 6182
欢迎关注”生信修炼手册”!bed文件用于记录染色体区域信息，最基本的一个bed文件示例如下bed格式非常的灵活，可以有多个变种，比如转录本结构可以用bed12格式来记录，peak cal...
提取文件出错_BED文件以及如何正确的从UCSC下载BED文件
weixin_36140403的博客
01-02 3757
在画chip-seq里最基础的两张图的时候，出现了报错，报错信息各种看不懂呀，去网上各种搜也没有解决。后来请教健明老师，困扰我两天的难题他一眼就看出来是我bed文件出现了问题，就是说我从UCSC下载的bed文件是不对的。我就拿这个我以为的bed文件去查看TSS附近信号强度，最后结果当然是各种报错。犯这么蠢的错，归其原因是我不了解bed文件格式。在做chipseq中下面这两张图的时候，用到...
TBtools安装教程以及序列提取步骤
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精通多种编程语言Hello World的编写
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gff文件转bed文件
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您可以使用以下命令将gff文件转换为bed文件： ``` awk '{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$6"\t"$7}' file.gff > file.bed ``` 这将将gff文件中的第1列（染色体名称）、第4列（起始位置）、第5列（结束位置）、第9列（名称/描述）、第6列（分数）和第7列（方向）提取到bed文件中的相应列中。请将“file.gff”替换为您的gff文件名，将“file.bed”替换为您要创建的bed文件的名称。

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