seurat对象转为h5ad

最新推荐文章于 2024-04-03 10:30:42 发布

LinzyLee

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分类专栏：生物信息文章标签： r语言生物信息学

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1. 先在R中将seurat对象转存为loom格式

library(Seurat)
library(loomR)

# 读入seurat对象seurat.obj
sdata.loom <- as.loom(x = seurat.obj, filename = "./B265-multiclone.loom", verbose = FALSE)
sdata.loom$close_all()

2. 在python中将loom文件转存为h5ad格式

import scanpy as sc
results_file = './B265-multiclone.loom'

adatas = sc.read_loom(results_file, sparse=True, cleanup=False, dtype='float32')
adatas.write('./B265-multiclone_seurat2scanpy.h5ad')

loom转h5ad还是需要挺长时间的。