超几何累积分布检验overlap

最新推荐文章于 2024-07-07 23:31:18 发布
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分类专栏： method 文章标签： 概率论 统计学 r语言
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版权

 复现文章中检验基因的overlap

 使用R中的phyper函数实现：

-log10(phyper(58, 555, 19738-555,660, lower.tail = F))
#[1] 14.44417

扩展： 

phyper(x, m, N-m, n, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

文章

[1] Moncada R ,  Barkley D ,  Wagner F , et al. Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas[J]. Nature Biotechnology. 

LinzyLee
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专栏目录
overlap的显著性检验-超几何检验/Fisher`s 检验
XIAOFEI@IDO
12-22 2973
1. 回顾超几何分布的定义 一般地，假设共有N件产品，其中M件次品，现在从中抽取n件做检查，抽到k件次品的概率分布服从超几何分布。 数学表达式如下： 超几何分布的一个应用：求解overlap显著性 以一个实际的生物实验为例。 在上述实验中，我们假设总共的基因个数为20000个（假定为产品的总数），图中左边圈的总数为2005（1740+265）个（假定为次品的总个数），现从中抽取805（540+265）个，需要计算得到基因的个数（次品数量）大于等于265的概率。 # 用R语言计算为: phyper(2
超几何分布检验（hypergeometric test）
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linkequa的博客
01-15 2万+
1，超几何分布的定义 总共有N件产品，其中M件次品，现在从中抽取n件做检查，抽到k件次品的概率分布服从超几何分布。 P(k,N,M,n)=((Mk))∗((N−Mn−k))(Nn)，其中k=0,1,2,...MP(k, N, M, n) = \frac{\left(M \choose k \right)*\left(N-M \choose n-k \right)}{N \choose n}，其中k...
clusterProfiler R package
ZHIDIHUAYUAN的博客
06-06 2262
clusterProfiler : universal enrichment tool for functional and comparative study 介绍 对于clusterProfiler包中文件的学习。 Gene Ontology (GO) 从下面三个方面来介绍基因功能。 MF: Molecular Function ，基因产物的分子活性； CC: Cellular Component，基因产物活跃的地方； BP: Biological Process，由基因产物组成的pathways a
fexact( varargin )：超几何累积分布（左、右和双尾），包括置换测试。-matlab开发
05-30
Matlab现在（2014b）有一个双尾Fisher精确检验（fishertest）！ 但是，我仍然需要一个可以矢量化以执行 1000 次测试的版本。 此实现每秒执行 2.5e6 个单尾或双尾测试，非常适合全基因组关联研究或其他大型问题，其中正在执行数百个样本和多达 100 个中的 1000 个测试。 它已被验证对多达 100 个样本大小是正确的，并且在超过 1000 个样本的情况下进行了抽查。
详解富集分析超几何分布检验
qq_36608036的博客
09-17 3395
R进行超几何分布计算 超几何分布是统计学中的一种离散分布，它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的个数。 也是生物信息学中常用的一种统计分布模型。我们在GO，KEGG的富集分析时就采用的是这个模型。 其数学表达式如下： f(k;n,m,N)={{{m \choose k}{{N-m} \choose {n-k}}} \over {N \choose n}}. 其中： N： 总样本数 m： 总样本中“特定类别”的数量 n: 从总样本中随机抽取的数量 k: 抽取样本中属于“特定类别”的数量
LeetCode-836. Rectangle Overlap（矩形重叠）
三九_感冒灵的博客
03-18 137
矩形重叠 Rectangle Overlap 解 方法一：位置检查 检查不重合的时候。 class Solution { public: bool isRectangleOverlap(vector<int>& rec1, vector<int>& rec2) { return !(rec1[2] <= rec2[0] ||...
超几何分布检验（hypergeometric test）与费歇尔精确检验（fisher‘s exact test）
linkequa的博客
03-05 1万+
1，超几何分布检验常用来对venn图两个圈overlap的显著性进行检验，费歇尔精确检验常用来对2x2的列联表进行检验。 2，假设有如下的统计数据： smoke non-smoke lung cancer 10 6 normal 1 12 现在对其进行费歇尔精确检验，有两种提零假设的方法： 2.1 对比抽烟组和非抽烟组 H0：抽烟组得肺癌的概率p1和非抽烟组得肺癌的概率p...
python画累积分布图_python – matplotlib中累积分布函数的对数图
weixin_39646412的博客
12-04 626
实际上,您需要将以下转换应用于Y值：-log10(1-y).这仅限制了y < 1,所以你应该能够在变换的图上有负值. 这是从matplotlib文档中修改的example,显示了如何将自定义转换结合到“scale”中：import numpy as npfrom numpy import mafrom matplotlib import scale as mscalefrom matplot...
overlap-interval-.zip_interval overlap_区间树
09-24
标题“overlap-interval-.zip_interval overlap_区间树”表明这个压缩包包含了关于区间树如何处理区间重叠问题的内容。 区间树的概念源于分治法，它能够快速地找到与给定查询区间有交集的区间。在描述中提到的...
Music_application.rar_Big!_overlap
09-24
该算法的核心思想是假设信号和噪声在样本空间中的分布不同，信号占据的是低秩子空间，而噪声则分布在高秩子空间。 2. **信号与噪声子空间**： 在MUSIC算法中，首先通过数据矩阵构建信号子空间和噪声子空间。信号子...
Overlap2d教程（一）
06-05
在本教程中，我们将探索如何使用Overlap2D编辑器与libGDX库来创建和管理游戏用户界面（UI），特别是关注按钮（Button）的编辑和交互。Overlap2D是一款强大的2D游戏UI编辑器，而libGDX是Java的游戏开发框架，两者结合...
j1-2.zip_overlap mesh_重叠网格
09-24
这种技术在处理复杂几何形状的边界或需要精细分辨率的区域特别有用。 从压缩包子文件的文件名称"j1-2.c"来看，这可能是一个用C语言编写的源代码文件，实现了上述的重叠网格和Jacobi迭代算法。C语言因其高效性和灵活...
overlap2d-2.tar
09-02
Overlap2D helps you create content for your game without connecting it to a specific code. As a result your game content is hugely framework/engine and everything independent. This documentation ...
机器学习（2.7.2）数据知识积累——概率论-超几何分布
liming850628的专栏
09-14 2780
超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的次数（不归还）。称为超几何分布，是因为其形式与“超几何函数”的级数展式的系数有关。 在产品质量的不放回抽检中，若N件产品中有M件次品，抽检n件时所得次品数X=k，则P(X=k)=C（M，k）·C(N-M,n-k)/C(N,n）， C（a b）为古典概型的组合形式，a为下限，b为上限，此时我们称随机变
计算机计算累计公式,(累计)超几何分布(离散概率)公式与在线计算器_三贝计算网_23bei.com...
weixin_29982021的博客
07-25 1075
输入物品总数(N)、次品总数(M)、取样本数(n)、样本次品数(X)，点击计算按钮，可快速求出超几何分布概率(P)和累积超几何分布概率(P)。超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了从有限N个物件(其中包含M个指定种类的物件)中抽出n个物件，成功抽出该指定种类的物件的次数(不放回)。称为超几何分布，是因为其形式与“超几何函数”的级数展式的系数有关。超几何分布概率定义举例说明：一般的，在含有M...
Overlap IO与IOCP对比
heartrude的专栏
05-31 2288
有关Overlap与IOCP的区别一直搞的不是很清楚。最近仔细分别用两种方式写了一次代码，总算搞清楚了。其实归结到就一句。IO完成后的回调处理是否支持多线程处理。 区别很简单。在进行WSARecv,WSARecvFrom,WSASend,WSASendTo函数调用之后，如果使用Overlap IO，则需要使用WaitForMultiEvents把所有的Overlap的Event数组作为参
目标检测算法-解读博客
qq_43243022的博客
02-01 613
Two Stage: RCNN,Fast RCNN,Faster RCNN 总结 1 [RCNN] 2014 R-CNN论文详解：https://blog.csdn.net/WoPawn/article/details/52133338 RCNN- 将CNN引入目标检测的开山之作：https://zhuanlan.zhihu.com/xiaoleimlnote 2 [Fast RCN...
phyper函数计算的显著性到底是什么？
viancheng的博客
07-01 4356
最近做项目遇到一个有趣的问题：有135个肺癌患者，已知这些患者的临床表征（性别、年龄、是否吸烟等），在计算中发现了EGFR基因在队列中显著突变，现在想知道某个临床表征（比如吸烟）对EGFR基因的突变有没有显著的影响？ 虽然已有文献证明了吸烟对于EGFR突变率和突变谱的影响，这里为了说明证明方法，还是以吸烟这个表征作为例子来举例说明。 这个问题类似于抽样检查的问题：工厂生产了N个零件，其中有M个零件是次品，在一次抽样调查中随机抽取n个零件，其中有m个零件是次品，问这次的抽样检查是否合格？也就是..
数学基础 -- 三角学
最新发布
sz66cm 学习随笔
07-07 710
三角学（Trigonometry）是数学的一个分支，主要研究三角形的边长与角度之间的关系。三角学在几何学、物理学、工程学等多个领域中有广泛的应用。
pyecharts overlap
08-30
Pyecharts的overlap功能允许将多个图表叠加在一起显示。这样可以让不同图表的数据同时展示在同一张图表上，方便进行比较和分析。 要使用overlap功能，首先需要引入Pyecharts库中的Overlap类，并创建一个空的Overlap对象。然后，将需要叠加的图表分别添加到Overlap对象中，使用add()方法将它们添加进去。最后，使用render()方法将叠加后的图表渲染出来。 在这个例子中，引用、和中都使用了Pie类和opts配置类，这是因为叠加的图表可以是不同类型的图表，例如饼图、玫瑰图等。 下面是一个使用overlap功能将饼图和玫瑰图叠加在一起的示例代码： ```python from pyecharts.charts import Pie from pyecharts import options as opts from pyecharts.faker import Faker from pyecharts.globals import ThemeType from pyecharts.charts import Overlap # 创建一个空的Overlap对象 overlap = Overlap() # 创建饼图 pie = ( Pie() .add( "", [list(z) for z in zip(Faker.choose(), Faker.values())], radius=["30%", "50%"], center=["45%", "50%"], rosetype="radius", ) .set_global_opts( title_opts=opts.TitleOpts(title="饼图"), legend_opts=opts.LegendOpts(type_="scroll", pos_left="80%", orient="vertical"), ) ) # 创建玫瑰图 rose = ( Pie() .add( "", [list(z) for z in zip(Faker.choose(), Faker.values())], radius=["30%", "50%"], center=["45%", "50%"], rosetype="area", ) .set_global_opts( title_opts=opts.TitleOpts(title="玫瑰图"), legend_opts=opts.LegendOpts(type_="scroll", pos_left="80%", orient="vertical"), ) ) # 将饼图和玫瑰图添加到Overlap对象中 overlap.add(pie) overlap.add(rose) # 渲染叠加后的图表 overlap.render() ``` 通过以上代码，您可以将饼图和玫瑰图叠加在一起展示，并可以根据需要进行其他的配置调整。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [使用pyecharts绘制图表](https://blog.csdn.net/qq_48288251/article/details/118631539)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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