VASP服务器第一次安装各种软件（上）

背景

前两天购买了服务器，AMD 7551 32*2 64 cores，512G ，RTX 3090 GPU，配了centos7.4系统。现在开始着手安装VASP计算用的各种配置

anaconda

直接去官网 https://www.anaconda.com/products/individual 页面拉到底，选择安装linux版本的。

然后下载下来的sh文件放在根目录下,一键安装

sh Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

anaconda安装后会自动修改~/.bashrc，如下，可能不同用户的路径不太一样，这个自己去检查吧！

```bash
#>>> conda initialize >>>
#!! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/lixin/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/lixin/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/lixin/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/lixin/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
#<<< conda initialize <<<

测试一下能不能用conda，直接type

conda --help

如果出来一堆说明，就说明能用啦

conda不能用的话，就source一下。

source ~/.bashrc

Intel编译器安装

首先官网下载教育免费版的。注意，用到的邮箱一定要是教育邮箱。
下载地址：https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software
里面有online_customizable和full的版本，online的小，用online就行。

然后我获得了一个用于安装的序列码，S477-HN8BJLFM。

然后下载了一个压缩包，解压

tar -zxvf parallel_studio_xe_2020_update4_cluster_edition.tgz 

然后按照提示步骤安装就行了，我所有的都是选择的默认。
安装完之后配置环境
在/etc/profile文件的末尾添加：

source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64

然后注销，重新登录。

这样impi、mkl、ifort等等一应俱全，就不用安装openmpi了。

检查是否安装完成，可以输入，有显示什么版本就表示安装成功了

ifort -v

注意，后续VASP编译的时候，需要一个libfftw3xf_intel.a，这个是安装intel编译器的时候不会自动生成的，需要进去/opt/intel/mkl/interfaces/fftw3xf下面安装一下,用root用户

make libintel64 compiler=intel 

然后就可以啦。

GPU驱动安装

首先type:

lspci | grep -i vga

显示我的显卡信息是nvidia的。

然后去/proc/driver路径下，发现没有任何关于nvidia的驱动。

驱动下载：https://www.nvidia.cn/Download/index.aspx?lang=cn

安装驱动，安装教程参考安装教程。

Cuda安装

Cuda官网：https://developer.nvidia.com/zh-cn/cuda-downloads
AMD用网络下载通道和rpm都容易报错，最好用runfile来安装。

其实这个时候已经没有图形界面了，全是命令行模式，所以安装CUDA打以下几行命令就行了。

sh cuda_11.1.0_455.23.05_linux.run

安装成功后，在/etc/profile加上这两行

export PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/bin:/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/bin/intel64:/usr/local/cuda-11.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.1/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

然后注销，重新登录。

编译VASP

直接修改makefile.inclue文件

其实就是配一些路径，下面贴一下，作为参考。

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
             -DMPI -DMPI_BLOCK=64000 \
             -Duse_collective \
             -DscaLAPACK \
             -DCACHE_SIZE=32000 \
             -Davoidalloc \
             -Duse_bse_te \
             -Dtbdyn \
             -Duse_shmem

CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC         = mpiifort
FCL        = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE       = -free -names lowercase

FFLAGS     = -assume byterecl -w
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0

MKLROOT    = /opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl
MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
             $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)


#OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o
# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS   = icpc

LIBS       += parser
LLIBS      += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o \
              $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  := /usr/local/cuda-11.1
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
#                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/include

先安装到这里，反正 VASP已经能用了，后续还有一些其他的的配置，明天再弄。
服务器也init 5切换成图形界面模式了。