VASP服务器第一次安装各种软件（中）

背景

服务器配置见上文“VASP服务器第一次安装各种软件（上）”

安装torque

高版本的收费，这里用的是老版本是2.5.11
然后

configure
make
make install

配置环境：把contrib/init.d下面的pbs_*等三个文件拷贝到/etc/init.d下面，注意在pbs_mom中加上一行ulimit -s unlimited，省得存储受限。

把/usr/local/[s]bin加到路径里去
建立一个qmgr.conf文件，内容如下：

#create queues and set their attributes.
#
#
# Create and define queue pool
#
create queue pool
set queue pool queue_type = Execution
set queue pool resources_default.nodes = 1
set queue pool enabled = True
set queue pool started = True
#
# Set server attributes.
#
set server scheduling = True
set server acl_hosts = localhost 
set server managers = root@localhost
set server operators = root@localhost
set server default_queue = pool
set server log_events = 511
set server mail_from = adm
set server query_other_jobs = True
set server scheduler_iteration = 600
set server node_check_rate = 150
set server tcp_timeout = 6
set server keep_completed = 0
set server allow_node_submit = True

然后运行

qmgr < qmgr.conf

建立一个/var/spool/torque/server_priv/nodes文件，里面内容是：

localhost np=64 pool

其中localhost这个name是在/etc/hosts下面对应的，

把/var/spool/torque/server_priv/路径，以及新建立的nodes文件编程所有用户可读，（不要可写）

chmod +755 server_priv/
chmod +644 nodes

然后写一个启动脚本：

/etc/init.d/pbs_mom restart
/etc/init.d/pbs_server restart
/etc/init.d/pbs_sched restart

每次启动运行这个脚本就行。
Tips:如果用了systemctl enable，就不用每次重启都运行这个脚本了。

qterm
systemctl start pbs_server.service
systemctl status pbs_server.service
systemctl enable pbs_server.service

然后用pbs的脚本就是

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N myjob
#PBS -l nodes=1:ppn=32
#PBS -q pool 
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/lib:/opt/intel/lib/intel64:/opt/intel/mkl/lib/intel64:/usr/local/lib:/lib64:$
LD_LIBRARY_PATH
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/impi/2019.9.304/intel64/bin/mpivars.sh
source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

# This job's working directory
cd $PBS_O_WORKDIR    

# Define number of processors
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`

echo This job has allocated $NPROCS nodes

# Run the parallel MPI executable a.out

安装xcrysden

1. 官网下载 http://www.xcrysden.org/Download.html 用的是linux版本的source package
   

2. 解压 tar zxf xcrysden-1.6.2.tar.gz

3. 在Make.sys-semishared的基础上修改Make.sys文件，先cp system/Make.sys-semishared Make.sys
   具体修改的不同比较地方如下：
   

4. 安装make all,然后 make install注意在这个过程中，涉及到各种外部依赖包的安装，包括如下，但是其实make的过程中会自动下载自动安装，只有在下载失败的过程中才需要再另外单独安装。
   

5. 根据个人习惯，安装完成后会把xcrysden拷贝到~/bin下面，但是需要修改一下里面的路径：

export XCRYSDEN_TOPDIR="/home/lixin/utilities/xcrysden-1.6.2"

6. 安装完成，随便找个路径测试一下能否用xcrysden，如下图，是ok的。
   

安装phonopy

有了cuda，其实phonopy就很好安装了，根据官网http://phonopy.github.io/phonopy/install.html，直接按照步骤来。

安装完成后，检查.bashrc里面的配置是否齐全：

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/lixin/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/lixin/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/lixin/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/lixin/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

不全别忘了补全然后source一下