组学数据上传（五）：代谢组学数据

       继扩增子、转录组、蛋白组、基因组数据上传教程发布后，组学数据上传教程最后一弹--代谢组数据上传教程来罗，有需要的一定要点赞加收藏！后续上传数据遇到问题可以私聊小编！接下来我们来了解下代谢组学常用数据库MetaboLights以及如何上传实验的组学数据至该数据库。

       MetaboLights 是EMBL-EBI数据库的子数据库，该数据库是跨平台、跨物种的代谢组学研究通用、开放存取的数据库，其涵盖了代谢物结构、参考光谱、生物学作用以及来自代谢组实验数据等。MetaboLights是许多领先期刊的推荐代谢组学资料库。

1 账号注册与登录

打开网址（https://www.ebi.ac.uk/metabolights/），注册MetaboLights帐户；

添加图片注释，不超过 140 字（可选）

       登陆注册邮箱，激活账户，点击邮箱中的链接即可激活账户。点击右上角“Logn in”，输入注册的账号和密码即可登录。

​2 数据上传

登录后点击右上角“Submit Study” ，首次提交，选择“Submit a new study”；

​然后点击“Create online”，选择“Create New Study”之后，跳转的页面选择“Let’s get started”。

​       页面跳转后，存在“现在上传原始数据”和“延后上传原始数据”2种选择，可以根据需要进行选择。下面以上传数据为例。选第一个选项，点击next。

​       系统会生成一个project，包含项目编号、项目数据引用网址等信息，账号绑定的邮箱也会收到此信息的邮件（论文写作中需要提供此类信息，建议收藏邮件）。接着点击“NEXT”；

​       接着跳转的页面中显示了2种数据上传方式：Aspera Upload和Private FTP Upload。例如选择Aspera Upload，点击Upload file（之前安装过IBM Aspera Connect 则不需要安装插件，如需安装插件，先点击install plugin下载）。如果仍不知道如何操作，可点击右下角，查看指导视频。

​       点击Upload file选项后，弹出一个选择文件的窗口，选择需要上传的文件；选中文件后弹出选择窗口，选择允许；点击允许后，上传成功显示界面如下，关闭IBM Aspera Connect窗口。

      点击refresh按钮，之后显示出上传的文件，如下图红色框所示，表示上传成功，点击NEXT进行下一步；

​3 研究项目信息填写

此界面中按照要求填写上项目关键词、摘要及文章发表情况等，点击next进入下个步骤。

​在这个界面点击Add technique，填写信息，例如：

Technique：Mass spectrometry；Assay：LC-MS；Define assay：LC；Scan polarity：Alternating；Column Type:Reverse Phase。之后点击Add assay type；所有的技术添加完后，点击next，弹出框中选择“Confirm”。

​页面工具栏： 

Status：刚创建项目时，页面显示'Submitted'状态，只有按照网站要求准确填写并且最后没有报错（error），你才可以手动把状态改为“In curation”，此后你的项目数据才会呈递到网站审核人手里，由他们进行数据的审核以及补充，只有通过curation，数据最终才能be public

Release Date：这个也是我们自己选择的，你可以根据自己的需要，结合文章online的时间。自行选择数据公开发布的时间点，这个时间咱们是可以更改的。

Validation：网站根据你上传的数据以及你提供的测序参数，审核你数据的完整性、真实性及可靠性，而后给出是否允许你的数据公开的判断，我这里因为还没填写完整，所以现在是'Failed'

Publications: 这里主要涉及该部分数据的文章情况，你要在这里如实填写文章title、key words、author、abstract以及factor信息，值得注意的是factor指该研究的变量（可以是药物类型、药物浓度、基因类型等等），此外，如果你已经有文章稿子了，可以把稿件上传帮助后台审核数据。

       之后点击“绿色”按钮，选择数据释放到数据库的时间，点击“OK“，选择”Add Publication”，在新窗口填入论文相应信息，点击“Save“。

​       点击“Submitted”，弹出窗口，根据自己项目是否完成决定选择”Submitted”或者“In Curation”，之后点击“OK”；如果信息都填写完整且无误后，手动把状态改为“In curation”，此时你的项目数据才会呈递到网站审核人手里，由他们进行数据的审核以及补充，只有通过curation，数据最终才能发布。

​        分别在页面中Description，Protocol，Sample，Assays，Metabolites，Files，Study Validation选项卡填入论文相关信息，点击“OK”进行保存；当无误时，”Failed”变成“Success“，表明数据录入成功。如果文章还没发表，PMID、DOI号不填。

Descriptions：把文章的keywords跟factor填上

Protocols：填上实验步骤，每项必须超过两句话，不然就会报错。

Samples：填样品信息

Assay：信息跟前面protocol一样，按照各个步骤填上相应的参数即可

Metabolites：把测序公司提供交付的最代谢物信息表直接上传即可，注意代谢物名称那一列只需要写代谢物名称即可，其他信息删掉

Files：我们可以在这一栏浏览我们上传的所有原始数据文件，以及前面几个条目所填项自动生成的表格

至此数据上传完成，等待网站审核。如果上传的任务信息有二次修改，数据审核周期会有所延长。

5 项目状态查询

        点击页面右上角“My Studies”；进入已上传的项目列表页面，点击想要查看的项目编号，进入该项目提交页面。当“Validation“后显示”√“时，表明数据上传成功了。